基因表达矩阵 行 = 基因,列 = 样本(可能包含多个时间点)
GeneExpressionData
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.BNLearn.Core.GeneExpressionData
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| GetGeneExpression | 1 | 获取指定基因的表达向量 |
| GetSample | 1 | 获取指定样本的所有基因表达值 |
| GetSampleIndicesAtTime | 1 | 获取指定时间点的所有样本索引 |
| GetSubMatrixAtTime | 1 | 获取指定时间点的子矩阵 |
| Standardize | 1 | Z-score 标准化(每基因减均值除标准差) |
| QuantileNormalize | 1 | 分位数归一化 |
| GetGeneIndex | 1 | 获取基因索引 |
| GetSubMatrix | 1 | 按指定的基因名子集(顺序由 geneList 决定)提取子表达矩阵,返回一个新的 GeneExpressionData。 行 = 指定基因,列 = 全部样本(保留 TimePoints 与 SampleNames)。 找不到的基因会被跳过并在控制台给出警告。 注意:参数名不可使用 geneNames/GeneNames,否则在 VB.NET(大小写不敏… |
| ToTimeSeries | 1 | 将表达矩阵(时间序列)转换为 DBN 参数学习所需的输入格式。 每个唯一时间点被聚合为一个基因丰度字典(该时间点下全部生物学重复样本的 均值),按时间顺序排列形成时间序列轨迹。要求至少包含 2 个时间点。 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| GeneNames | 1 | 基因名称列表 |
| SampleNames | 1 | 样本名称列表 |
| Matrix | 1 | 表达矩阵 [gene, sample],基因×样本 |
| TimePoints | 1 | 时间点标签(每个样本对应的时间点) |
| UniqueTimePoints | 1 | 唯一时间点列表(排序后) |
| NGene | 1 | 基因数量 |
| NSample | 1 | 样本数量 |
04 Members
GetGeneExpression(
Int32)获取指定基因的表达向量
GetSample(
Int32)获取指定样本的所有基因表达值
GetSampleIndicesAtTime(
Double)获取指定时间点的所有样本索引
GetSubMatrixAtTime(
Double)获取指定时间点的子矩阵
Standardize
Z-score 标准化(每基因减均值除标准差)
QuantileNormalize
分位数归一化
GetGeneIndex(
String)获取基因索引
GetSubMatrix(
String())按指定的基因名子集(顺序由 geneList 决定)提取子表达矩阵,返回一个新的 GeneExpressionData。 行 = 指定基因,列 = 全部样本(保留 TimePoints 与 SampleNames)。 找不到的基因会被跳过并在控制台给出警告。 注意:参数名不可使用 geneNames/GeneNames,否则在 VB.NET(大小写不敏感)下会 遮蔽实例属性 GeneNames,导致方法体内对 GeneNames 的引用被解析为参数而非属性。
ToTimeSeries
将表达矩阵(时间序列)转换为 DBN 参数学习所需的输入格式。
每个唯一时间点被聚合为一个基因丰度字典(该时间点下全部生物学重复样本的 均值),按时间顺序排列形成时间序列轨迹。要求至少包含 2 个时间点。
Returns
按时间排序的基因丰度字典列表,供 DynamicBayesianNetwork.LearnParameters() 使用。
GeneNames
基因名称列表
SampleNames
样本名称列表
Matrix
表达矩阵 [gene, sample],基因×样本
TimePoints
时间点标签(每个样本对应的时间点)
UniqueTimePoints
唯一时间点列表(排序后)
NGene
基因数量
NSample
样本数量