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数据读写工具
BnIO
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.BNLearn.IO.BnIO
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ReadGeneExpressionMatrix | 1 | 从 CSV/TSV 文件读取基因表达矩阵 格式：第一列为基因名，第一行为样本名，其余为表达值 |
| ReadExpressionVector | 1 | 从外部转录组向量文件读取单样本（或一组均值）的基因表达水平 文件格式：两列基因名与表达值，支持 CSV/TSV，首行可为表头（gene / expression，大小写不敏感） 例如： gene,expression codY,12.3 comK,4.5 返回 基因名 → 表达值 的键值对字典。基因名按 OrdinalIgnoreCa… |
| ReadPriorNetwork | 1 | 从 CSV/TSV 读取先验调控网络 格式：TF, TargetGene, RegulationType, Confidence, Evidence |
| WriteInterventionResult | 1 | 将干预分析结果写入 TSV 文件 |
| WriteBatchInterventionResults | 1 | 将批量干预结果写入汇总 TSV |
03 Members
ReadGeneExpressionMatrix(
Matrix, SampleInfo(), String)从 CSV/TSV 文件读取基因表达矩阵 格式：第一列为基因名，第一行为样本名，其余为表达值
ReadExpressionVector(
String)从外部转录组向量文件读取单样本（或一组均值）的基因表达水平 文件格式：两列基因名与表达值，支持 CSV/TSV，首行可为表头（gene / expression，大小写不敏感） 例如： gene,expression codY,12.3 comK,4.5 返回 基因名 → 表达值 的键值对字典。基因名按 OrdinalIgnoreCase 比较去重（后者覆盖前者）。 若文件不存在或解析不到任何记录则抛出友好异常。
ReadPriorNetwork(
IEnumerable(Of RegulatoryEdge))从 CSV/TSV 读取先验调控网络 格式：TF, TargetGene, RegulationType, Confidence, Evidence
WriteInterventionResult(InterventionResult,
String)将干预分析结果写入 TSV 文件
WriteBatchInterventionResults(
List(Of InterventionResult), String)将批量干预结果写入汇总 TSV