Analysis

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.WGCNA.Analysis Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.WGCNA Members 4

WGCNA分析主模块

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.HTS.WGCNA.Analysis

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Run	1	run WGCNA analysis
RunWithPhenotype	2	运行完整的WGCNA分析（包含表型相关性分析）这是新增的主要分析函数，在基础WGCNA分析的基础上，增加了模块与表型相关性的计算功能。
createGraph	1

03 Members

method Run #

Run(Matrix, Double, Boolean)

run WGCNA analysis

Parameters

Name	Type	Description
`samples`	`Matrix`	an expression matrix object of gene features in rows and sample id in columns
`adjacency`	`Double`	-

method RunWithPhenotype #

RunWithPhenotype(Matrix, Dictionary(Of String, Double()), Double, Boolean)

运行完整的WGCNA分析（包含表型相关性分析）

这是新增的主要分析函数，在基础WGCNA分析的基础上，增加了模块与表型相关性的计算功能。

Parameters

Returns

完整的WGCNA分析结果，包含模块-表型相关性

method RunWithPhenotype overload 2 #

RunWithPhenotype(Matrix, String, Double(), Double, Boolean)

运行WGCNA分析（使用单个表型）

Parameters

Returns

WGCNA分析结果

method createGraph #

createGraph(NumericMatrix, Matrix, Boolean, CorrelationMatrix, NumericMatrix)

Parameters