nuget
由于可能会修改参数然后在调用的这种情况出现，所以这里的数据可能需要实时更新，所以不再使用属性的简写形式了
FileSystem
00 Remarks
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.Metagenome.GCModeller.FileSystem.FileSystem
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| TryGetSource | 1 | 这个是为了加载数据而构建的，故而假若数据源不存在的话就会返回备用的 |
| GetRepositoryRoot | 1 | The root directory for stores the GCModeller database such as fasta sequence for annotation. |
| GetMotifLDM | 2 | <RegpreciseRoot>/MEME/MAST_LDM/ |
| GetRegulations | 1 | regulations.xml文件在GCModeller数据库之中的位置 |
| IsRepositoryNullOrEmpty | 1 | Do you configured the repository root directory path parameter in the settings file? 配置文件之中是否包含有GCModeller数据库的位置的路径参数 |
| GetPfamDb | 1 | 默认返回NCBI CDD数据库之中的Pfam数据库 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| RepositoryRoot | 1 | The root directory for stores the GCModeller database such as fasta sequence for annotation. |
| RegpreciseRoot | 1 | <RepositoryRoot>/Regprecise/ |
| MotifLDM | 1 | <RegpreciseRoot>/MEME/MAST_LDM/ |
| Regulations | 1 | regulations.xml文件在GCModeller数据库之中的位置 |
| IsNullOrEmpty | 1 | 配置文件之中是否包含有GCModeller数据库的位置的路径参数 |
| KEGGFamilies | 1 | Regprecise数据库之中的调控因子蛋白质的摘要Dump信息 |
| CDD | 1 | NCBI CDD数据库的文件夹位置 |
| GO | 1 | GO数据库的文件夹位置 |
| COGs | 1 | COG数据库文件夹 |
04 Members
TryGetSource(
String, Func(Of String))这个是为了加载数据而构建的，故而假若数据源不存在的话就会返回备用的
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
source | String | - |
alt | Func(Of String) | - |
GetRepositoryRoot
The root directory for stores the GCModeller database such as fasta sequence for annotation.
GetMotifLDM
<RegpreciseRoot>/MEME/MAST_LDM/
GetMotifLDM(
String)<RegpreciseRoot>/MEME/MAST_LDM/
GetRegulations
regulations.xml文件在GCModeller数据库之中的位置
IsRepositoryNullOrEmpty
Do you configured the repository root directory path parameter in the settings file?
配置文件之中是否包含有GCModeller数据库的位置的路径参数
GetPfamDb(
String)默认返回NCBI CDD数据库之中的Pfam数据库
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
name | String | - |
RepositoryRoot
The root directory for stores the GCModeller database such as fasta sequence for annotation.
RegpreciseRoot
<RepositoryRoot>/Regprecise/
MotifLDM
<RegpreciseRoot>/MEME/MAST_LDM/
Regulations
regulations.xml文件在GCModeller数据库之中的位置
IsNullOrEmpty
配置文件之中是否包含有GCModeller数据库的位置的路径参数
KEGGFamilies
Regprecise数据库之中的调控因子蛋白质的摘要Dump信息
CDD
NCBI CDD数据库的文件夹位置
GO
GO数据库的文件夹位置
COGs
COG数据库文件夹