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基于矩阵数据结构（两两比较的得分/距离矩阵），最常用的从零构建进化树的算法是 UPGMA（Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean）算法。
UPGMA 是一种自底向上的聚类算法，它假设分子钟假说（即所有物种的进化速率相同），最终生成一棵有根树。本质上是基于平均连接值得层次聚类树。
UPGMATree
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.Metagenome.UPGMATree.UPGMATree
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| BuildTree | 1 | run UPGMATree algorithm: create taxonomy tree from a matrix |
03 Members
BuildTree``1(
IEnumerable(Of ``0))run UPGMATree algorithm: create taxonomy tree from a matrix
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
data | IEnumerable(Of ``0) | rows in a numeric matrix, each dataset object is row data inside a matrix |