多个引物共同覆盖的候选区域信息类
CandidateRegion
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.PrimerDesigner.CandidateRegion
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| FindCandidateRegions | 1 | 需要将3个引物序列比对到新测序的六倍体基因组上,确定它们共同覆盖的目标物理区间,并上下游各延伸2Mb(若该区间基因密度较低,可适当放宽至5Mb,请最终明确延伸长度)。 提取该区间内所有基因,包括六倍体基因ID、染色体位置、功能注释及基因序列。 |
03 Properties
04 Members
FindCandidateRegions(
IEnumerable(Of HitRecord), Int32, Double, String())需要将3个引物序列比对到新测序的六倍体基因组上,确定它们共同覆盖的目标物理区间,并上下游各延伸2Mb(若该区间基因密度较低,可适当放宽至5Mb,请最终明确延伸长度)。 提取该区间内所有基因,包括六倍体基因ID、染色体位置、功能注释及基因序列。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
blastHits | IEnumerable(Of HitRecord) | - |
maxCoreSpan | Int32 | - |
eval_cutoff | Double | - |
Chr
CoreStart
CoreEnd
Span