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包含有结果数据的加载模块以及脚本的执行调用模块
WGCNAWeight
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.RTools.WGCNA.Network.WGCNAWeight
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| buildMatrixInternal | 1 | |
| Find | 2 | 找不到会返回空值 |
| Subset | 1 | 将目标对象相关的WGCNA weight值过滤出来，作为计算数据，以减少计算开销 |
03 Members
buildMatrixInternal(
IEnumerable(Of Weight), IReadOnlyCollection(Of String))Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
dataSet | IEnumerable(Of Weight) | - |
allIds | IReadOnlyCollection(Of String) | WGCNA共表达网络的导出结果为一个三角形矩阵，所有的基因ID都在这个三角形矩阵的上半部分， 这里的allIds参数用于获取所有的基因ID列表，以便于后续的计算使用。 如果不需要获取所有的基因ID列表，可以传入Nothing |
Find(
String, String)找不到会返回空值
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
geneId1 | String | - |
geneId2 | String | - |
Find(
String)find all correlated genes
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
geneId | String | - |
Subset(
IEnumerable(Of String))将目标对象相关的WGCNA weight值过滤出来，作为计算数据，以减少计算开销
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
geneList | IEnumerable(Of String) | - |