HMMER3Parser

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.HMMER.HMMER3Parser Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.HMMER Members 10

HMMER3模型文件解析器用于读取.hmm格式的HMMER3模型文件

00 Remarks

HMMER3文件格式说明：

HMMER3/f: 文件格式标识
NAME: 模型名称
LENG: 模型长度（匹配状态数）
ALPH: 字母表类型（amino表示蛋白质）
HMM: 概率矩阵部分
- COMPO行: 背景分布
- 每个状态包含:
  - 匹配发射概率（20个氨基酸）
  - 插入发射概率（20个氨基酸）
  - 转移概率（7个：m->m, m->i, m->d, i->m, i->i, d->m, d->d）

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.HMMER.HMMER3Parser

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Parse	1	解析HMMER3模型文件
ParseContent	1	解析HMMER3模型文本内容
ParseLines	1	解析HMMER3模型行数据
ParseValue	1	解析键值对行
ParseStatsLine	1	解析统计信息行
ParseCompoLine	1	解析COMPO行（背景发射概率）
ParseCompoInsertLine	1	解析COMPO插入发射概率行
ParseCompoTransLine	1	解析COMPO转移概率行
ParseStateBlock	1	解析状态块（发射概率和转移概率）

03 Fields

Name	Overloads	Summary
AA_ALPHABET	1

04 Members

method Parse #

Parse(String)

解析HMMER3模型文件

Parameters

Name	Type	Description
`filePath`	`String`	HMMER3模型文件路径

Returns

解析后的ProfileHMM对象

method ParseContent #

ParseContent(String)

解析HMMER3模型文本内容

Parameters

Name	Type	Description
`content`	`String`	HMMER3模型文本内容

Returns

解析后的ProfileHMM对象

method ParseLines #

ParseLines(String())

解析HMMER3模型行数据

method ParseValue #

ParseValue(String)

解析键值对行

method ParseStatsLine #

ParseStatsLine(String)

解析统计信息行

method ParseCompoLine #

ParseCompoLine(String, ProfileHMM)

解析COMPO行（背景发射概率）

method ParseCompoInsertLine #

ParseCompoInsertLine(String, ProfileHMM)

解析COMPO插入发射概率行

method ParseCompoTransLine #

ParseCompoTransLine(String, ProfileHMM)

解析COMPO转移概率行

method ParseStateBlock #

ParseStateBlock(String(), Int32, ProfileHMM, Int32)

解析状态块（发射概率和转移概率）

field AA_ALPHABET #

AA_ALPHABET