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API Docs / SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.MotifFinder / RunSample

RunSample

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Motif.RunSample Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.MotifFinder Members 5

单次「多重启吉布斯采样」的执行器:从多个随机初始状态独立运行采样, 并保留其中信息含量最高的那一份位点与 motif 序列。

00 Remarks

注意不要在此引入 Microsoft.VisualBasic.Language:该命名空间下也有一个 List(Of T), 会把 System.Collections.Generic.List(Of T) 遮蔽掉, 导致把采样器返回的列表赋值过来时出现 InvalidCastException。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Motif.RunSample

02 Methods

NameOverloadsSummary
.ctor 1

03 Properties

NameOverloadsSummary
InformationContent 1 当前所有重启之中找到的最大信息含量
ICPC 1 单位列信息含量(bits/column),其理论上界为 log2(4) = 2

04 Fields

NameOverloadsSummary
ICPC_EPSILON 1 判定信息含量是否已达理论上限时所使用的浮点容差
syncRoot 1 下列三个字段是各个并行重启之间共享的可变状态,必须统一由这一把锁保护。

05 Members

method .ctor #
#ctor(GibbsSampler, String())
Parameters
NameTypeDescription
gibbsGibbsSampler

-

workString()

本轮采样所使用的工作序列集合。在迭代式屏蔽发现(findTopN)之中, 这里传入的是上一轮把已发现位点屏蔽为 N 之后的序列; 为空时表示直接使用采样器之中的原始序列。

property InformationContent #
InformationContent

当前所有重启之中找到的最大信息含量

property ICPC #
ICPC

单位列信息含量(bits/column),其理论上界为 log2(4) = 2

field ICPC_EPSILON #
ICPC_EPSILON

判定信息含量是否已达理论上限时所使用的浮点容差

field syncRoot #
syncRoot

下列三个字段是各个并行重启之间共享的可变状态,必须统一由这一把锁保护。