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微卫星DNA：重复单位序列最短，只有2～6bp，串联成簇，长度50～100bp，又称为短串联重复序列（Short Tandem Repeat STR)。 广泛分布于基因组中。 其中富含A-T碱基对，是在研究DNA多态性标记过程中发现的。1981年Miesfeld等首次发现微卫星DNA， 其重复单位长度一般为1～6个核苷酸，双核苷酸重复单位常为(CA)n和(TG)n。
SSRSearch
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.SSRSearch
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| PureSSR | 1 | 所谓单纯SSR 是指由单一的重复单元所组成的序列，如(AT)n； |
| CompoundSSR | 1 | 复合SSR 则是由2个或多个重复单元组成的序列，如(GT)n(AT)m； |
| InterruptedSSR | 1 | 间隔SSR 在重复序列中有其它核苷酸夹杂其中，如(GT)nGG(GT)m。 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Parallel | 1 |
04 Members
PureSSR(
ISequenceModel, String, Int32)所谓单纯SSR 是指由单一的重复单元所组成的序列，如(AT)n；
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
range | ISequenceModel | 重复片段的长度范围，默认是最短2个核苷酸，最长6个核苷酸 |
CompoundSSR(
ISequenceModel, String, Int32)复合SSR 则是由2个或多个重复单元组成的序列，如(GT)n(AT)m；
InterruptedSSR(
ISequenceModel, String)间隔SSR 在重复序列中有其它核苷酸夹杂其中，如(GT)nGG(GT)m。
Parallel