FeatureKeys

Full name SMRUCC.genomics.Annotation.Assembly.NCBI.GenBank.TabularFormat.GFF.FeatureKeys Assembly SMRUCC.genomics.Annotation Members 10

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Annotation.Assembly.NCBI.GenBank.TabularFormat.GFF.FeatureKeys

02 Methods

Name	Overloads	Summary
GetAllGeneIDs	1	获取所有的CDS的基因编号列表
DbXref	1	解析出DbXref属性之中的外部数据库连接

03 Properties

Name	Overloads	Summary
featuresIndex	1	string to Features enum values

04 Fields

05 Members

method GetAllGeneIDs #

GetAllGeneIDs(GFFTable, Features)

获取所有的CDS的基因编号列表

Remarks

这个函数似乎有问题，因为使用人类基因组的第一条染色体的GFF测试才2000多个基因

Parameters

Name	Type	Description
`gff`	GFFTable	-
`feature`	`Features`	默认是使用所有的feature类型来用作为数据源

method DbXref #

DbXref(String)

解析出DbXref属性之中的外部数据库连接

Parameters

Name	Type	Description
`value$`	`String`	-

property featuresIndex #

featuresIndex

string to Features enum values

field tRNA #

tRNA

field CDS #

CDS

field exon #

exon

field gene #

gene

field tmRNA #

tmRNA

field rRNA #

rRNA

field region #

region