API

Full name SMRUCC.genomics.Assembly.Expasy.AnnotationsTool.API Assembly SMRUCC.genomics.Core Members 7

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Assembly.Expasy.AnnotationsTool.API

02 Methods

Name	Overloads	Summary
GenerateBasicDocument	1	从Expasy数据库之中创建基本的数据
__enzymeClassify	1	由于evalue已经是在做blast的时候已经通过evalue开关参数所限制了，都认为evalue符合要求，故而在这里以identities值为标准
InvokeAnnotations	1
__getKEGGReaction	1	通过EC编号来查找KEGG Reaction数据库之中的相应的记录
EnzymeClassification	2
InvokeKEGGAnnotations	1

03 Members

method GenerateBasicDocument #

GenerateBasicDocument(Enzyme())

从Expasy数据库之中创建基本的数据

Parameters

Name	Type	Description
`enzymes`	Enzyme()	-

method __enzymeClassify #

由于evalue已经是在做blast的时候已经通过evalue开关参数所限制了，都认为evalue符合要求，故而在这里以identities值为标准

Remarks

在上一层待用之中已经使用了查询并行化了，所以在本函数之中将不能够再使用并行化，以免影响程序效率

Parameters

Name	Type	Description
`data`	T_EnzymeClass_BLAST_OUT()	-

method InvokeAnnotations #

Parameters

Name	Type	Description
`Expasy`	NomenclatureDB	-
`Aligned`	T_EnzymeClass_BLAST_OUT()	经过筛选之后的之后比对结果

method __getKEGGReaction #

__getKEGGReaction(EnzymeClass, IEnumerable(Of Reaction))

通过EC编号来查找KEGG Reaction数据库之中的相应的记录

Parameters

Name	Type	Description
`EC`	EnzymeClass	-
`KEGG`	`IEnumerable(Of Reaction)`	-

method EnzymeClassification overload 2 #

EnzymeClassification(IEnumerable(Of T_EnzymeClass_BLAST_OUT))

method EnzymeClassification #

EnzymeClassification(IEnumerable(Of T_EnzymeClass_BLAST_OUT), API+_____ENZYME_CLASS_HANDLER_)

method InvokeKEGGAnnotations #

InvokeKEGGAnnotations(IEnumerable(Of EnzymeClass), IEnumerable(Of Reaction))