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将序列的AccessionID编号转换为Taxid编号
Accession2Taxid
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Assembly.NCBI.Taxonomy.Accession2Taxid
02 Methods
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| accession | 1 | |
| accession_version | 1 | |
| taxid | 1 | |
| gi | 1 |
04 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| acc2Taxid_Header | 1 |
05 Members
LoadAll(
String)一次性的加载完整个数据库之中的数据到内存之中（不推荐）
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
DIR$ | String | - |
ReadFile(
String)Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
file | String | - |
LoadDataAll(
String, Nullable(Of Boolean))这个函数返回{name: accession(不带版本号), value:taxid, description: raw_input_line}
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
DIR$ | String | - |
gb_priority | Nullable(Of Boolean) | - |
Matchs(
IEnumerable(Of String), String, Nullable(Of Boolean), Nullable(Of Boolean))做数据库的subset操作。这个函数所返回来的数据之中是包含有表头的
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
acc_list | IEnumerable(Of String) | - |
DIR$ | String | - |
acc2Taxid_Header
accession
accession_version
taxid
gi
ToString()
ReadFiles(
String())