PatternModel

Full name SMRUCC.genomics.SequenceModel.Patterns.PatternModel Assembly SMRUCC.genomics.Core Members 6

一个经过多序列比对对齐操作的序列集合之中所得到的残基的出现频率模型，可以用这个模型来计算突变率以及SNP位点

01 Syntax

SMRUCC.genomics.SequenceModel.Patterns.PatternModel

02 Methods

03 Properties

Name	Overloads	Summary
Residues	1
Site	1

04 Members

method GetVariation #

GetVariation(FastaSeq, Double)

通过比较参考序列得到每一个残基上面的突变率

Parameters

Name	Type	Description
`ref`	FastaSeq	序列的长度必须要和PatternModel.Residues的长度相等
`cutoff`	`Double`	-

property Residues #

Residues

property Site #

Site

method PWM #

PWM()

method ToString #

ToString()

method GenericEnumerator #

GenericEnumerator()