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k-mer sequence model
KSeq
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.Slicer.KSeq
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| KmerSpans | 1 | split the given sequence as kmer span for a speicific biological sequence. |
| CalculateDirectQuaternaryHashCode | 1 | 计算DNA k-mer的直接四进制哈希值。 |
| GetSequenceData | 1 | |
| GetHashCode | 1 | |
| ToString | 1 | |
| Kmers | 1 |
03 Properties
04 Members
KmerSpans(
String, Int32)split the given sequence as kmer span for a speicific biological sequence.
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
seq_str | String | - |
k | Int32 | - |
CalculateDirectQuaternaryHashCode(
String)计算DNA k-mer的直接四进制哈希值。
Remarks
算法原理：
- 将k-mer的每个碱基映射为一个数字 (A=0, C=1, G=2, T=3)。
- 将整个k-mer串视为一个k位的四进制数。
- 通过迭代方式计算其十进制值：hash = (hash * 4) + current_value。
例如，对于 k-mer "ACGT" (k=4): A(0) C(1) G(2) T(3) 哈希值 = (((0 4 + 1) 4 + 2) * 4 + 3) = 27
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
kmer | String | 输入的k-mer字符串（例如 "ATCG"）。 |
Returns
计算出的哈希值（一个Long整数）。如果输入无效，则抛出异常。
seq
the kmer sequence
location
location of the left
GetSequenceData()
GetHashCode()
ToString()
Kmers(
String, Int32)