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DOOR: Database of prOkaryotic OpeRons.
Door operon prediction data.(Door操纵子预测数据)
DOOR
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Assembly.DOOR.DOOR
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| IsOprPromoter | 1 | 查看目标基因是否是其所处的操纵子的第一个基因 |
| HaveGene | 1 | 是否能够在存在的基因数据之中找得到目标基因对象？ |
| SameOperon | 1 | 根据基因编号来判断这两个基因是否是处在相同的一个操纵子之中的 |
| Select | 1 | 根据操纵子编号来获取改操纵子之中的一系列的结构基因 |
| GetOperon | 1 | Gets the operon object where the gene is located. |
| Export | 1 | 导出为一个Csv格式的文件 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Genes | 1 | 在文件之中，是一个表格的形式来表示整个文件的，这个属性表示文件之中的所有行 |
| DOOROperonView | 1 | 按照操纵子编号进行分组得到的operon模型的集合 |
| GetGene | 1 | 查找不到目标基因对象则会返回空值 |
04 Members
IsOprPromoter(
String)查看目标基因是否是其所处的操纵子的第一个基因
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
locus | String | 目标基因的基因编号 |
HaveGene(
String)是否能够在存在的基因数据之中找得到目标基因对象？
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
locus_tag | String | - |
SameOperon(
String, String)根据基因编号来判断这两个基因是否是处在相同的一个操纵子之中的
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
locus_a | String | - |
locus_b | String | - |
Select(
String)根据操纵子编号来获取改操纵子之中的一系列的结构基因
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
operonID | String | - |
GetOperon(
String)Gets the operon object where the gene is located.
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
locusId | String | The gene's locus_tag |
Export(
String, Boolean)导出为一个Csv格式的文件
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
path | String | - |
trim | Boolean | 是否将仅有一个基因的Operon对象进行去除 |
Genes
在文件之中，是一个表格的形式来表示整个文件的，这个属性表示文件之中的所有行
DOOROperonView
按照操纵子编号进行分组得到的operon模型的集合
GetGene(
String)查找不到目标基因对象则会返回空值
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
locusId | String | 基因编号 |