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使用这个模块进行chebi的编号的匹配， (由于有同分异构体之类的存在，所以即使化学式或者分子质量相同，也会匹配出几种不同的化合物， 所以NameOf.MatchByFormula()以及NameOf.MatchByMass() 这两个方法应该是优先级别最低的)
NameOf
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Assembly.ELIXIR.EBI.ChEBI.NameOf
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ContainsChEBIid | 1 | 目标chebiID是否存在于这个名称mapping数据表之中 |
| GetChEBINamesByID | 1 | 通过chebi编号从names数据之中查找得到名称列表 |
| MatchByName | 1 | 2. 直接匹配名称(使用默认的fuzzy=False参数)也比较精确 |
| MatchByID | 1 | 1. 最精确的方法 |
| MatchByFormula | 1 | 3. 会出现一系列的同分异构体或者其他的具备有相同原子组成的化合物 |
| MatchByMass | 1 | 4. 精准度最低 |
| GetInCHIData | 1 | |
| ToKEGG | 1 | |
| GetChebiXrefs | 1 | |
| GetChemicalDatas | 1 | |
| FromDataDirectory | 1 | |
| MatchByIDs | 1 |
03 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| names | 1 | 键名都是小写的 |
| chebiXrefs | 1 | chebi -> xrefs |
| formulas | 1 | 因为存在同分异构体，所以这里是一对多的关系 |
04 Members
ContainsChEBIid(
String)目标chebiID是否存在于这个名称mapping数据表之中
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
chebiID$ | String | ChEBI代谢物数据库编号，这里要求是纯数字的，不带有 |
GetChEBINamesByID(
String)通过chebi编号从names数据之中查找得到名称列表
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
chebi_ID$ | String | 单纯的数值格式的ChEBI编号 |
MatchByName(
String, Boolean)- 直接匹配名称(使用默认的fuzzy=False参数)也比较精确
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
name$ | String | - |
fuzzy | Boolean | - |
- 最精确的方法
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
ID$ | String | - |
type | AccessionTypes | - |
Returns
这个函数会返回所有和目标ID能够关联上的编号列表，假若只想要得到chebi编号， 则可以通过chebi函数参数来获得
MatchByFormula(
String)- 会出现一系列的同分异构体或者其他的具备有相同原子组成的化合物
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
formula$ | String | - |
MatchByMass(
Double, Double)- 精准度最低
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
mass# | Double | - |
deltaPPM# | Double | - |
names
键名都是小写的
chebiXrefs
chebi -> xrefs
formulas
因为存在同分异构体，所以这里是一对多的关系
GetInCHIData(
String)ToKEGG(
String)GetChebiXrefs(
String)GetChemicalDatas(
String)FromDataDirectory(
String)MatchByIDs(
String(), AccessionTypes)