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Describes a collection of UniProtKB entries, XML file can be download from the uniprot database id mappings result.
UniProtXML
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Assembly.Uniprot.XML.UniProtXML
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Load | 1 | 从文件系统中的rdf文件加载XML反序列化数据结果.(这个函数只适用于小文件的加载操作) |
| EnumerateEntries | 1 | Enumerate all of the data entries in a ultra large size uniprot XML database. |
| LoadDictionary | 1 | 因为可能会存在一个蛋白质entry对应多个accession的情况， 所以这个函数会自动将这些重复的entry.accessions进行展开， 则取出唯一的accessionID只需要使用表达式 vbnet DirectCast(entry, INamedValue).Key |
| ToIndexTable | 1 | 对UniProtXML.entries属性使用entry.accessions建立索引 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| entries | 1 | entry.accession可以用作为字典的键名 |
04 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| uniparc_ns | 1 | xml <uniparc xmlns="http://uniprot.org/uniparc" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://uniprot.org/uniparc http://www.uniprot.org/docs/un… |
| uniprot_xmlns | 1 |
05 Members
Load(
String)从文件系统中的rdf文件加载XML反序列化数据结果.(这个函数只适用于小文件的加载操作)
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
path | String | XML文件路径 |
EnumerateEntries(
String, Boolean, Boolean, Boolean)Enumerate all of the data entries in a ultra large size uniprot XML database. (使用这个函数来读取超大的uniprot XML数据库)
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
path | String | 因为uniprot和uniparc这两个数据库的数据结构都是一样的,所以可以使用这个函数来兼容这两个数据库 |
LoadDictionary(
String)因为可能会存在一个蛋白质entry对应多个accession的情况， 所以这个函数会自动将这些重复的entry.accessions进行展开， 则取出唯一的accessionID只需要使用表达式
DirectCast(entry, INamedValue).KeyParameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
handle$ | String | file or directory |
ToIndexTable
对UniProtXML.entries属性使用entry.accessions建立索引
entries
entry.accession可以用作为字典的键名
uniparc_ns
<uniparc xmlns="http://uniprot.org/uniparc" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://uniprot.org/uniparc http://www.uniprot.org/docs/uniparc.xsd" version="2017_03"> uniprot_xmlns