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Extensions for object query in the GCModeller biological components
IQueryExtensions
01 Syntax
SMRUCC.genomics.ObjectQuery.IQueryExtensions
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| MatchGene | 1 | 函数会优先按照geneName进行查询，假若查找不到结果，才会使用products列表进行模糊匹配 |
| GetLocusTag | 1 | FastaSeq.Headers parsing the first word token as uid. |
| ContainsMultipleSequence | 1 | 判断目标fasta文件是否包含有多条序列？ |
03 Members
函数会优先按照geneName进行查询，假若查找不到结果，才会使用products列表进行模糊匹配
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
PTT | PTT | - |
geneName | String | - |
products | IEnumerable(Of String) | 大小写不敏感 |
cut | Double | 字符串匹配相似度的最小的阈值 |
First | Boolean | 是直接返回匹配到的第一个结果还是先对所有基因匹配，然后再返回相似度最高的基因对象？默认是直接返回第一个匹配结果 |
GetLocusTag(FastaSeq)
FastaSeq.Headers parsing the first word token as uid.
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
fasta | FastaSeq | - |
ContainsMultipleSequence(
String)判断目标fasta文件是否包含有多条序列？
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
path$ | String | fasta file path |