FastaExportMethods

Full name SMRUCC.genomics.SequenceModel.FASTA.Reflection.FastaExportMethods Assembly SMRUCC.genomics.Core Members 8

對象模塊將數據庫中的一條記錄轉換為一條FASTA序列對象

01 Syntax

SMRUCC.genomics.SequenceModel.FASTA.Reflection.FastaExportMethods

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Complement	1	将某一个FASTA序列集合中的序列进行互补操作，对于蛋白质序列，则返回空值
Reverse	1	将序列首尾反转
Merge	3	Merge the fasta sequence file from a file list.
FastaCorrupted	1	有些从KEGG上面下载下来的数据会因为解析的问题出现错误，在这里判断是否有这种错误
FastaTrimCorrupt	1	这个函数是为了修正早期的KEGG序列数据下载工具的一些html解析错误，第一个字符肯定是M

03 Fields

Name	Overloads	Summary
HTML_CHARS	1	invalid chars for check in sequence

04 Members

method Complement #

Complement(FastaFile)

将某一个FASTA序列集合中的序列进行互补操作，对于蛋白质序列，则返回空值

Parameters

Name	Type	Description
`nt`	FastaFile	这里应该输入的是核酸序列,因为只有核酸序列才可以进行互补,蛋白序列则不行

Returns

返回互补链序列集合

method Reverse #

将序列首尾反转

method Merge #

Merge(IEnumerable(Of String), Boolean, Boolean)

Merge the fasta sequence file from a file list.

Parameters

method Merge overload 2 #

Merge(String, Boolean, Boolean)

Only merge fasta files in the top level directory.(这个函数不会返回空值)

Parameters

Name	Type	Description
`inDIR`	`String`	-
`trim`	`Boolean`	-

method Merge overload 3 #

Merge(String, String, Boolean, Boolean)

Parameters

method FastaCorrupted #

FastaCorrupted(FastaSeq)

有些从KEGG上面下载下来的数据会因为解析的问题出现错误，在这里判断是否有这种错误

Parameters

Name	Type	Description
`fa`	FastaSeq	-

method FastaTrimCorrupt #

FastaTrimCorrupt(FastaSeq)

这个函数是为了修正早期的KEGG序列数据下载工具的一些html解析错误，第一个字符肯定是M

Parameters

Name	Type	Description
`fa`	FastaSeq	-

field HTML_CHARS #

HTML_CHARS

invalid chars for check in sequence