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Semi-Residue(半残基，出现概率不是百分之百的)
SR
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.Patterns.Clustal.SR
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| FromAlign | 1 | |
| __allocBlock | 1 | 做了一次矩阵转置 |
| __getSite | 1 | 返回前10的位点 位点不足的话会使用最后一个位点进行补充 这里是构建特征序列的核心算法部分 |
| ToString | 1 |
03 Properties
04 Members
FromAlign(
IEnumerable(Of FastaSeq), Double, Int32)Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
aln | IEnumerable(Of FastaSeq) | - |
block | Double | 生成类似于domain的参数所需求的，假若这个值太低，则计算MPAlignment的时候会得分很低，除非特别应用请不要修改这个数值 |
levels | Int32 | - |
__allocBlock(SR()(),
Double)做了一次矩阵转置
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
source | SR()() | - |
cutoff | Double | - |
__getSite(
Char()(), Int32, Int32, Int32)返回前10的位点 位点不足的话会使用最后一个位点进行补充
这里是构建特征序列的核心算法部分
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
chMAT | Char()() | 频率矩阵 |
index | Int32 | - |
width | Int32 | - |
Index
在多重比对之中的序列上面的位置
Residue
残基符号
Frq
出现的频率
Block
区块的序列号
ToString()