nuget
CovalentRadii
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Data.RCSB.PDB.CovalentRadii
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| SingleBondRadius | 1 | 查询指定元素的单键共价半径（Å）。 |
| MeasureBonds | 2 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ID | 1 | |
| Atom | 1 | |
| Single_Bond1 | 1 | |
| Single_Bond2 | 1 | |
| Double_Bond | 1 | |
| Triple_Bond | 1 |
04 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Covalent_Radii_Table | 1 | https://chem.libretexts.org/Ancillary_Materials/Reference/Reference_Tables/Atomic_and_Molecular_Properties/A3%3A_Covalent_Radii |
| DefaultCovalentRadius | 2 | 元素符号查询时使用的默认共价半径（Å），用于表中缺失或单键半径为 -1 的元素。 |
| atoms | 1 | 元素符号 → 共价半径数据。 |
05 Members
SingleBondRadius(
String)查询指定元素的单键共价半径（Å）。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
element | String | 元素符号，大小写不敏感，例如 |
Returns
单键共价半径（Å）；元素不在表中、或表中该元素的单键半径缺失（值为 -1）时， 回退到 CovalentRadii.DefaultCovalentRadius。
MeasureBonds(HETATMRecord(),
Double)Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
ligand | HETATMRecord() | - |
toleranceFactor | Double | 容忍度系数，用于判断实际距离是否在共价半径理论和的范围内 |
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
ligand | HETATMRecord() | - |
table | Dictionary(Of String, CovalentRadii) | - |
toleranceFactor | Double | 容忍度系数，用于判断实际距离是否在共价半径理论和的范围内 |
Covalent_Radii_Table
Remarks
pm
DefaultCovalentRadius
元素符号查询时使用的默认共价半径（Å），用于表中缺失或单键半径为 -1 的元素。
atoms
元素符号 → 共价半径数据。
Remarks
字典键为元素符号，比较时忽略大小写：PDB 文件的元素列（列 77-78）既有 Mg/Fe 这样的规范写法，也有 MG/FE 这样的全大写写法。
DefaultCovalentRadius
ID
Atom
Single_Bond1
Single_Bond2
Double_Bond
Triple_Bond