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算法参数
GPRParameters
01 Syntax
SMRUCC.genomics.GCModeller.CompilerServices.GPRLink.GPRParameters
02 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| MaxOperonDistance | 1 | 操纵子内最大距离 |
| SameOperonBonus | 1 | 同操纵子奖励 |
| PathwayCompletenessThreshold | 1 | 通路完整度阈值 |
| MaxWindowSpan | 1 | 上下文窗口大小（向上下游各看几个基因） |
| MaxPhysicalDistance | 1 | 最大物理距离阈值，超过此距离认为不在同一基因簇 |
| BaseContextScore | 1 | 基于上下文推断的基础分 |
| DirectMatchScore | 1 | 直接EC匹配的满分 |
| SameStrandWeight | 1 | 同链权重 |
| DiffStrandWeight | 1 | 异链权重 |
| MaxGapInPathway | 1 | 通路中允许的最大反应间隔 |
| CoexpressionThreshold | 1 | |
| BaseCoexpressionScore | 1 | |
| BaseSyntenyScore | 1 | |
| BaseComplexScore | 1 |
03 Members
MaxOperonDistance
操纵子内最大距离
SameOperonBonus
同操纵子奖励
PathwayCompletenessThreshold
通路完整度阈值
MaxWindowSpan
上下文窗口大小（向上下游各看几个基因）
MaxPhysicalDistance
最大物理距离阈值，超过此距离认为不在同一基因簇
BaseContextScore
基于上下文推断的基础分
DirectMatchScore
直接EC匹配的满分
SameStrandWeight
同链权重
DiffStrandWeight
异链权重
MaxGapInPathway
通路中允许的最大反应间隔
CoexpressionThreshold
BaseCoexpressionScore
BaseSyntenyScore
BaseComplexScore