OutputReader

Full name SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.LocalBLAST.BLASTOutput.BlastPlus.BlastX.OutputReader Assembly SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions Members 4

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.LocalBLAST.BLASTOutput.BlastPlus.BlastX.OutputReader

02 Methods

Name	Overloads	Summary
TryParseOutput	1	Try load the blastx output file data.(尝试使用这个方法来加载blastx的输出数据)
__queryParser	1	一个query对应多个hits，每一个hit与query之间又会存在多个比对的高分区碎片
QueryBlockIterator	1

03 Fields

Name	Overloads	Summary
queryInfoRegexp	1

04 Members

method TryParseOutput #

TryParseOutput(String, Boolean, Encoding)

Try load the blastx output file data.(尝试使用这个方法来加载blastx的输出数据)

Parameters

Name	Type	Description
`path`	`String`	The file path of the blastx output file.(blastx输出文件的文件路径)

method __queryParser #

__queryParser(String, Boolean)

一个query对应多个hits，每一个hit与query之间又会存在多个比对的高分区碎片

Parameters

Name	Type	Description
`str`	`String`	-

field queryInfoRegexp #

queryInfoRegexp

Remarks

20190615

当queryName是空的时候，这个正则表达式将无法正常工作

method QueryBlockIterator #

QueryBlockIterator(String, Encoding)