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元数据Xml文件
SpeciesBesthit
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.Tasks.Models.SpeciesBesthit
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| GetTotalIdentities | 1 | |
| GetUnConservedRegions | 1 | 从保守的片段数据之中反向取出不保守的片段 |
| TrimEmpty | 1 | |
| GetConservedRegions | 1 | 根据比对数据自动的推断出保守的区域 |
| SelectSourceFromHits | 1 | 将比对上的物种的fasta文件复制到目标文件夹copyTo之中，目标函数返回所复制的菌株的编号列表 |
| InternalSort | 1 | 按照比对的蛋白质的数目的多少对Hit之中的元素进行统一进行排序 |
| ExportCsv | 1 | 在这里导出Venn表 格式 [Description] [QueryProtein] {[] [HitProtein] [Identities] [Positive]} |
| IndexOf | 1 | |
| Take | 1 | |
| ToString | 1 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| sp | 1 | The species name of query.(进行当前匹配操作的物种名称，这个属性不是蛋白质的名称) |
| Hit | 2 | |
| GetTopHits | 1 | 获取能够被比对上的较多数目的物种的编号 |
| hits | 1 |
04 Members
GetTotalIdentities(
String, Func(Of Double(), Double))Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
sp | String | - |
aggregate | Func(Of Double(), Double) |
|
GetUnConservedRegions(
IReadOnlyList(Of String()))从保守的片段数据之中反向取出不保守的片段
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
conserved | IReadOnlyList(Of String()) | - |
TrimEmpty(
Double)Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
p | Double | 0-1 |
GetConservedRegions(
Double, Int32)根据比对数据自动的推断出保守的区域
SelectSourceFromHits(
String, String)将比对上的物种的fasta文件复制到目标文件夹copyTo之中，目标函数返回所复制的菌株的编号列表
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
source | String | - |
copyTo | String | - |
InternalSort(
Boolean)按照比对的蛋白质的数目的多少对Hit之中的元素进行统一进行排序
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
TrimNull | Boolean | 将没有任何匹配的对象去除 |
ExportCsv(
Boolean)在这里导出Venn表
格式 [Description] [QueryProtein] {[] [HitProtein] [Identities] [Positive]}
Remarks
请注意，为了保持数据之间的一一对应关系，这里不能够再使用并行化了
sp
The species name of query.(进行当前匹配操作的物种名称，这个属性不是蛋白质的名称)
Hit(
String)通过query查找的是reference的对象
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
queryName | String | - |
GetTopHits
获取能够被比对上的较多数目的物种的编号
hits
Hit
IndexOf(
String)Take(
String())ToString()