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BBH解析的时候，是不会区分方向的，所以只要保证编号是一致的就会解析出结果，这个不需要担心
BBHParser
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.LocalBLAST.Application.BBH.BBHParser
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| GetDirreBhAll2 | 2 | 导出所有的双向最佳比对结果 |
| TopHit | 1 | 通过排序得到最好的比对结果，在这里假设evalue都已经满足条件了 |
| BBHTop | 1 | 获取双向的最佳匹配结果.(只取出第一个最好的结果) |
| GetDirreBhAll | 1 | 导出所有的双向最佳比对结果，只要能够在双方的列表之中匹配上，则认为是最佳双向匹配 |
| get_DiReBh | 1 | 获取双向的最佳匹配结果.(只取出第一个最好的结果) |
| __topBesthit | 1 | 假若没有最佳比对，则HitName为空值 |
| bhTopTable | 1 | 按照阈值构建最好的比对结果 |
| GetBBHTop | 1 | Only using the first besthit paired result for the orthology data, if the query have no matches then using an empty string for the hit name. |
03 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| HITS_NOT_FOUND | 1 | HITS_NOT_FOUND |
04 Members
导出所有的双向最佳比对结果
Remarks
取出所有符合条件的单向最佳的记录
Parameters
GetDirreBhAll2(
File, File)导出所有的双向最佳比对结果
Remarks
取出所有符合条件的单向最佳的记录
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
SvQ | File | - |
QvS | File | - |
TopHit(
IEnumerable(Of BestHit))通过排序得到最好的比对结果，在这里假设evalue都已经满足条件了
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
hits | IEnumerable(Of BestHit) | 假设这里面的hits都是通过了cutoff了的数据 |
BBHTop(
File, File)获取双向的最佳匹配结果.(只取出第一个最好的结果)
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
QvS | File | - |
SvQ | File | - |
GetDirreBhAll(
File, File)导出所有的双向最佳比对结果，只要能够在双方的列表之中匹配上，则认为是最佳双向匹配
Remarks
取出所有符合条件的单向最佳的记录
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
SvQ | File | - |
QvS | File | - |
get_DiReBh(
File, File)获取双向的最佳匹配结果.(只取出第一个最好的结果)
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
QvS | File | - |
SvQ | File | - |
假若没有最佳比对，则HitName为空值
Parameters
bhTopTable(
IEnumerable(Of BestHit), Double, Double)按照阈值构建最好的比对结果
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
source | IEnumerable(Of BestHit) | - |
identities | Double | - |
coverage | Double | - |
GetBBHTop(
IEnumerable(Of BestHit), IEnumerable(Of BestHit), Double, Double)Only using the first besthit paired result for the orthology data, if the query have no matches then using an empty string for the hit name. (只使用第一个做为最佳的双向结果，假若匹配不上，Hitname属性会为空字符串)
Remarks
query: 待注释的query，功能未知 subject: 数据库之中的已知功能的蛋白，则bbh的输出结果的注释信息来自于subject.
因为qvs表示query vs subject，所以sbh的注释结果来自于subject，则在这里的注释功能描述结果则来自于qvs之中
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
qvs | IEnumerable(Of BestHit) | - |
svq | IEnumerable(Of BestHit) | - |
HITS_NOT_FOUND
HITS_NOT_FOUND