MapsAPI

Full name SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.LocalBLAST.Application.NtMapping.MapsAPI Assembly SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions Members 9

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.LocalBLAST.Application.NtMapping.MapsAPI

02 Methods

Name	Overloads	Summary
GetCoverage	1	vbnet Math.Abs(map.QueryRight - map.QueryLeft) / map.QueryLength
CreateObject	1	从blastn日志之中导出Mapping的数据
setUnique	1	Unique的判断原则： 1. 假若一个query之中只含有一个hit，则为unique 2. 假若一个query之中含有多个hit的话，假若只有一个hit是perfect类型的，则为unique 3. 同一个query之中假若为多个perfect类型的hit的话，则不为unique
MakeTabular	1	从blastn日志之中导出Mapping的数据
Export	1	从blastn日志文件之中导出fastq对基因组的比对的结果
TrimAssembly	1	按照条件 BlastnMapping.Unique=TRUE and BlastnMapping.PerfectAlignment=TRUE 进行可用的alignment mapping结果的筛选
UniqueAlignment	1	为每一个query都赋值一个唯一的hit结果,如果需要比较真实的比对结果,则可以使用包含有重复值的besthit导出方法
MakeChromosomeMapping	1	构建出单条染色体上的匹配结果位置的列表,这个位置的列表是按照query的位置进行排序的
MakeMappingLocation	1	构建出单条染色体上的匹配结果位置的列表,这个位置的列表是按照query的位置进行排序的

03 Members

method GetCoverage #

GetCoverage(BlastnMapping)

 Math.Abs(map.QueryRight - map.QueryLeft) / map.QueryLength

Parameters

Name	Type	Description
`map`	BlastnMapping	-

method CreateObject #

CreateObject(Query, Boolean)

从blastn日志之中导出Mapping的数据

Parameters

Name	Type	Description
`Query`	Query	-

method setUnique #

setUnique(BlastnMapping())

Unique的判断原则：

假若一个query之中只含有一个hit，则为unique
假若一个query之中含有多个hit的话，假若只有一个hit是perfect类型的，则为unique
同一个query之中假若为多个perfect类型的hit的话，则不为unique

Parameters

Name	Type	Description
`data`	BlastnMapping()	-

method MakeTabular #

MakeTabular(Query, BlastnHit)

从blastn日志之中导出Mapping的数据

Parameters

Name	Type	Description
`Query`	Query	-
`hitMapping`	BlastnHit	-

method Export #

Export(v228, Boolean, String, Boolean)

从blastn日志文件之中导出fastq对基因组的比对的结果

Parameters

Name	Type	Description
`blastnMapping`	v228	-
`best`	`Boolean`	前提是query里面的hit的原有的顺序没有被破坏掉

method TrimAssembly #

TrimAssembly(IEnumerable(Of BlastnMapping))

按照条件 BlastnMapping.Unique=TRUE and BlastnMapping.PerfectAlignment=TRUE 进行可用的alignment mapping结果的筛选

method UniqueAlignment #

UniqueAlignment(IEnumerable(Of BBHIndex))

为每一个query都赋值一个唯一的hit结果,如果需要比较真实的比对结果,则可以使用包含有重复值的besthit导出方法

Parameters

Name	Type	Description
`blast`	`IEnumerable(Of BBHIndex)`	假设query和hit的id编号都是已经经过修剪了的

method MakeChromosomeMapping #

MakeChromosomeMapping(IEnumerable(Of HitRecord), Double)

构建出单条染色体上的匹配结果位置的列表,这个位置的列表是按照query的位置进行排序的

Parameters

Name	Type	Description
`blastn`	`IEnumerable(Of HitRecord)`	-

method MakeMappingLocation #

MakeMappingLocation(IEnumerable(Of HitRecord), Double)

构建出单条染色体上的匹配结果位置的列表,这个位置的列表是按照query的位置进行排序的

Parameters

Name	Type	Description
`blastn`	`IEnumerable(Of HitRecord)`	-