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Cog分类操作
COGsUtils
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.Pipeline.COG.COGsUtils
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| MyvaCOGCatalog | 2 | MyvaCOG.CreateObject()). |
03 Members
MyvaCOGCatalog(
String, String, Double, Double, TextGrepMethod, Boolean)Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
blastp | String | raw blastp output file path. |
descriptParser | String | - |
MyvaCOGCatalog(
IEnumerable(Of BestHit), String, TextGrepMethod)MyvaCOG.CreateObject(). (因为所输入进来的函数参数bbh是已经通过参数筛选之后的结果，所以这个函数就不需要再使用参数筛选了。)
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
bbh | IEnumerable(Of BestHit) | - |
whogXml | String | - |
descriptParser | TextGrepMethod | 解析出來的是query protein的fasta標題裏面的功能注釋信息 |