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已比对的多序列字符矩阵（character matrix）：所有序列等长，缺失字符以 CharacterSet.Missing 编码。
CharacterMatrix
00 Remarks
该类型是最大简约法（MP）、最大似然法（ML）、贝叶斯推断（BI）以及 Bootstrap 重采样的共同输入数据模型。 距离法（UPGMA/NJ）则通过 Evolution.Distance.SequenceDistance 将其转换为 DistanceMatrix。
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Models.CharacterMatrix
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| FromAligned | 1 | 从等长的对齐序列构建字符矩阵。 |
| FromFasta | 1 | 从 FASTA 序列集合构建字符矩阵（要求序列已经比对且等长）。 |
| FromMSA | 1 | 从多序列比对结果构建字符矩阵。 |
| GetColumn | 1 | 取指定比对上位点的状态编码列。 |
| IsInformativeSite | 1 | 判断某个位点是否为最大简约法所需的信息位点（parsimony informative site）： 至少存在两种状态，且每种出现的状态至少出现两次。 |
| InformativeSites | 1 | 返回所有信息位点的列索引。 |
| AllSites | 1 | 返回全部位点的列索引（0..SiteCount-1）。 |
| SubColumns | 1 | Bootstrap 重采样支持：按照给定的位点索引序列（可重复）抽取列，构建新的字符矩阵。 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Names | 1 | 序列名称向量，与 CharacterMatrix.States 的第一维一一对应。 |
| States | 1 | 整数状态编码矩阵：States(sequence)(site)，取值为 0..N-1 或 CharacterSet.Missing。 |
| AlignedSequences | 1 | 原始的对齐后序列（保留 gap 字符），用于结果输出与调试。 |
| SequenceCount | 1 | 序列的数目（分类单元数目） |
| SiteCount | 1 | 比对位点的数目（列数） |
| Residue | 1 | 访问指定序列、指定位点的状态编码。 |
| CharacterSet | 1 |
04 Members
从等长的对齐序列构建字符矩阵。
FromFasta(
FastaFile, CharacterSet)从 FASTA 序列集合构建字符矩阵（要求序列已经比对且等长）。
FromMSA(
MSAOutput, CharacterSet)从多序列比对结果构建字符矩阵。
GetColumn(
Int32)取指定比对上位点的状态编码列。
IsInformativeSite(
Int32)判断某个位点是否为最大简约法所需的信息位点（parsimony informative site）： 至少存在两种状态，且每种出现的状态至少出现两次。
InformativeSites
返回所有信息位点的列索引。
AllSites
返回全部位点的列索引（0..SiteCount-1）。
SubColumns(
Int32())Bootstrap 重采样支持：按照给定的位点索引序列（可重复）抽取列，构建新的字符矩阵。
Names
序列名称向量，与 CharacterMatrix.States 的第一维一一对应。
States
整数状态编码矩阵：States(sequence)(site)，取值为 0..N-1 或 CharacterSet.Missing。
AlignedSequences
原始的对齐后序列（保留 gap 字符），用于结果输出与调试。
SequenceCount
序列的数目（分类单元数目）
SiteCount
比对位点的数目（列数）
Residue(
Int32, Int32)访问指定序列、指定位点的状态编码。
CharacterSet