TreeRearrangement

Full name SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.TreeSearch.TreeRearrangement Assembly SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip Members 7

系统发育树拓扑重排算子（NNI / SPR），用于最大简约法与最大似然法的启发式树搜索。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.TreeSearch.TreeRearrangement

02 Methods

Name	Overloads	Summary
EnumerateNodes	1	以确定性的先序遍历返回树中的所有节点，索引即移动算子所使用的坐标。
Clone	1	深拷贝树拓扑（用于移动试算与状态回滚）。
InSubtree	1	判断 node 是否位于 possibleAncestor 的子树内部（含自身）。
NniMoves	1	枚举树中所有合法的 NNI 移动。
ApplyNni	1	应用一个 NNI 移动。
SprMoves	1	枚举（或随机采样）合法的 SPR 移动。
ApplySpr	1	应用一个 SPR 移动：剪除子树 V 并重接到边 (P -> C) 上。

03 Members

method EnumerateNodes #

EnumerateNodes(PhyloNode)

以确定性的先序遍历返回树中的所有节点，索引即移动算子所使用的坐标。

method Clone #

Clone(PhyloNode)

深拷贝树拓扑（用于移动试算与状态回滚）。

method InSubtree #

InSubtree(PhyloNode, PhyloNode)

判断 node 是否位于 possibleAncestor 的子树内部（含自身）。

method NniMoves #

NniMoves(PhyloNode)

枚举树中所有合法的 NNI 移动。

method ApplyNni #

ApplyNni(PhyloNode, NniMove)

应用一个 NNI 移动。

method SprMoves #

SprMoves(PhyloNode, Int32, Random)

枚举（或随机采样）合法的 SPR 移动。

Parameters

Name	Type	Description
`root`	PhyloNode	树的根节点
`maxCount`	`Int32`	最多返回的移动数目
`rand`	`Random`	可选的随机数发生器，用于采样；为空时按确定性顺序截取

method ApplySpr #

ApplySpr(PhyloNode, SprMove)

应用一个 SPR 移动：剪除子树 V 并重接到边 (P -> C) 上。