UpgmaTree

Full name SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.UPGMA.UpgmaTree Assembly SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip Members 2

UPGMA（非加权组平均法，Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean）：每轮合并距离最近的两个簇，新簇与其他簇的距离取算术平均： D_kl = (n_i * D_ki + n_j * D_kj) / (n_i + n_j)。该方法假设严格分子钟，输出一棵有根树。

00 Remarks

凝聚过程直接复用基础库 hierarchical-clustering 中的 AverageLinkageStrategy（即 UPGMA 连锁准则）、HierarchyBuilder 与 DistanceMap，本项目只负责把聚类得到的 Cluster 树转换为系统发育树节点 PhyloNode（分支长度 = 合并高度之差）。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.UPGMA.UpgmaTree

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Build	1	由距离矩阵构建 UPGMA 有根树。
Convert	1	将凝聚层次聚类树节点转换为系统发育树节点。

03 Members

method Build #

Build(DistanceMatrix, LinkageStrategy)

由距离矩阵构建 UPGMA 有根树。

Parameters

Name	Type	Description
`distances`	DistanceMatrix	对称距离方阵
`linkageStrategy`	`LinkageStrategy`	连锁准则，默认为 `AverageLinkageStrategy`（UPGMA）。传入 `WeightedLinkageStrategy` 即得到 WPGMA。

method Convert #

Convert(Cluster, Double)

将凝聚层次聚类树节点转换为系统发育树节点。

Parameters

Name	Type	Description
`cluster`	`Cluster`	当前聚类节点
`parentDistance`	`Double`	父节点的合并高度；子节点分支长度 = 父节点合并高度 - 当前节点合并高度。