ShellScriptAPI

Full name SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.ShellScriptAPI Assembly SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip Members 7

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.ShellScriptAPI

02 Methods

Name	Overloads	Summary
CreateNodeLabelAnnotation	1	{Trimmed_ID, uid}
LoadNewickTree	1	Newick format tree is the phylip default output data format.
LoadHitsVennData	1
__exportMatrix	1	矩阵文件的格式要求为：行的标题（每一行中的第一个元素）为基因组的名称每一列为某一个基因的频率或者其他数值例如：基因1，基因2，基因3， ...
ExportGendistMatrixFromBesthitMeta	1	直接使用identities值作为最开始的等位基因的频率值
NeighborMatrixFromVennMatrix	1	从已经生成的韦恩矩阵之中生成距离矩阵
SelfOverviewsMAT	1	不可以使用并行化拓展，因为有一一对应关系

03 Members

method CreateNodeLabelAnnotation #

CreateNodeLabelAnnotation(String, String, IEnumerable(Of gbEntryBrief))

{Trimmed_ID, uid}

method LoadNewickTree #

LoadNewickTree(String, String)

Newick format tree is the phylip default output data format.

Parameters

Name	Type	Description
`tree`	`String`	-
`Name`	`String`	-

method LoadHitsVennData #

LoadHitsVennData(String)

Parameters

Name	Type	Description
`source`	`String`	Xml数据的文件夹

method __exportMatrix #

__exportMatrix(SpeciesBesthit)

矩阵文件的格式要求为：行的标题（每一行中的第一个元素）为基因组的名称每一列为某一个基因的频率或者其他数值例如：基因1，基因2，基因3， ... 基因组1 1 1 0 基因组2 2 1 4

Parameters

Name	Type	Description
`besthit`	`SpeciesBesthit`	-

method ExportGendistMatrixFromBesthitMeta #

ExportGendistMatrixFromBesthitMeta(IEnumerable(Of SpeciesBesthit), String, Boolean, Int32)

直接使用identities值作为最开始的等位基因的频率值

Parameters

Name	Type	Description
`MetaSource`	`IEnumerable(Of SpeciesBesthit)`	-
`Limits`	`String`	0或者小于零的数值都为不限制,假设做出数量的限制的话，函数只会提取指定数目的基因组数据，都是和外标尺最接近的基因组

method NeighborMatrixFromVennMatrix #

NeighborMatrixFromVennMatrix(File)

从已经生成的韦恩矩阵之中生成距离矩阵

method SelfOverviewsMAT #

SelfOverviewsMAT(Overview)

不可以使用并行化拓展，因为有一一对应关系

Parameters

Name	Type	Description
`overview`	`Overview`	-