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API Docs / SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter / ReactionSpec

ReactionSpec

Full name SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.Data.ReactionSpec Assembly SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter Members 10

与数据源无关的反应契约——规则挖掘引擎(RuleMiner)的唯一输入。

00 Remarks

之所以要这一层:不同数据源的"反应"对象差异很大(BioCyc 的 reactions 带 REACTION-DIRECTION,需要先按方向把左右翻转;GCModeller 内部的 MetabolicReaction 没有方向枚举、一律按 left→right 理解)。把这些差异全部 收敛到各自的数据源映射层之后,挖掘引擎只看到"已归正的底物/产物 id 列表", 从而保证不同数据源挖出的规则语义完全一致。

各字段的取值约定:

  • / :必须已完成方向归正,

且已去重、去空、按字典序排列(挖掘结果依赖确定性顺序);

  • :非空即视为"常见酶家族",酶层级取

;

  • :无 EC 但可自发发生时取

;两者皆无则取 。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.Data.ReactionSpec

02 Methods

NameOverloadsSummary
Create 1 便捷构造:从左右两侧的化合物 id 序列生成一条已排序、去重的反应契约。
ToString 1

03 Properties

NameOverloadsSummary
Id 1 反应唯一标识。会直接作为规则的 Rule.Id, 便于把搜索结果回溯到原始反应条目。
Name 1 反应名称(对应规则的 Rule.Name)。映射层应按 "常用名 → 系统名 → id" 的顺序回退取值。
ReactantIds 1 已按方向归正的底物 compound id 集合(去重、去空、字典序)。
ProductIds 1 已按方向归正的产物 compound id 集合(去重、去空、字典序)。
ECNumbers 1 EC 号集合;非空即判定为"常见酶家族"。
IsSpontaneous 1 是否无需酶催化即可发生。
Gibbs 1 正向(底物 → 产物)的 ΔG,单位 kJ/mol。
IsReversible 1 生理条件下是否可逆。

04 Members

method Create #
Create(String, String, IEnumerable(Of String), IEnumerable(Of String), String(), Boolean, Double, Boolean)

便捷构造:从左右两侧的化合物 id 序列生成一条已排序、去重的反应契约。

Parameters
NameTypeDescription
idString

反应唯一标识。

nameString

反应名称。

reactantsIEnumerable(Of String)

底物侧的化合物引用(可为 Nothing)。

productsIEnumerable(Of String)

产物侧的化合物引用(可为 Nothing)。

ecNumbersString()

EC 号集合。

isSpontaneousBoolean

是否自发。

gibbsDouble

正向 ΔG。

isReversibleBoolean

是否可逆。

Returns

已归正并排序的 ReactionSpec。

property Id #
Id

反应唯一标识。会直接作为规则的 Rule.Id, 便于把搜索结果回溯到原始反应条目。

property Name #
Name

反应名称(对应规则的 Rule.Name)。映射层应按 "常用名 → 系统名 → id" 的顺序回退取值。

property ReactantIds #
ReactantIds

已按方向归正的底物 compound id 集合(去重、去空、字典序)。

property ProductIds #
ProductIds

已按方向归正的产物 compound id 集合(去重、去空、字典序)。

property ECNumbers #
ECNumbers

EC 号集合;非空即判定为"常见酶家族"。

property IsSpontaneous #
IsSpontaneous

是否无需酶催化即可发生。

property Gibbs #
Gibbs

正向(底物 → 产物)的 ΔG,单位 kJ/mol。

property IsReversible #
IsReversible

生理条件下是否可逆。

method ToString #
ToString()