MetabolicSink

Full name SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.MetabolicSink Assembly SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter Members 2

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.Metabolic.RouterAdapter.MetabolicSink

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Build	1	构建内部代谢模型对应的汇集合（委托给通用 SinkBuilder，白名单使用跨数据库可移植的名称匹配）。

03 Properties

Name	Overloads	Summary
CentralMetaboliteNames	1	中心代谢 / 底盘常见代谢物的名称白名单（归一化后按 id、name、synonym 匹配）。覆盖：糖酵解 / PPP / TCA、莽草酸途径、氨基酸、多胺、核苷酸辅因子、能量通货与无机小分子。

04 Members

method Build #

Build(Dictionary(Of String, CompoundStructure), Dictionary(Of String, Int32), SinkModes, Int32)

构建内部代谢模型对应的汇集合（委托给通用 SinkBuilder，白名单使用跨数据库可移植的名称匹配）。

Parameters

Name	Type	Description
`structures`	`Dictionary(Of String, CompoundStructure)`	compound id → 已净化结构
`degrees`	`Dictionary(Of String, Int32)`	compound id → 在反应中出现的总次数
`mode`	SinkModes	Core / All
`coreDegree`	`Int32`	Core 模式下判定"枢纽代谢物"的最少反应出现次数；小规模手写网络建议取 2，真实库取 4。

Returns

汇集合，每项为 (compound id, SMILES)。

property CentralMetaboliteNames #

CentralMetaboliteNames

中心代谢 / 底盘常见代谢物的名称白名单（归一化后按 id、name、synonym 匹配）。覆盖：糖酵解 / PPP / TCA、莽草酸途径、氨基酸、多胺、核苷酸辅因子、能量通货与无机小分子。

Remarks

白名单按分区排序：糖酵解/PPP/糖 → TCA/乙醛酸 → 莽草酸途径 → 氨基酸 → 多胺 → 核苷酸辅因子 → 无机小分子与常见共底物