CDHitFamilyExport

Full name SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure.CDHitFamilyExport Assembly SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure Members 1

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.MotifGraph.ProteinStructure.CDHitFamilyExport

02 Methods

Name	Overloads	Summary
ExportClusters	1	将 CDHit.FindSimilar 返回的聚类结果导出为两个 CSV 文件。

03 Members

method ExportClusters #

ExportClusters(FastaSeq(), IEnumerable(Of SimilarHit), String)

将 CDHit.FindSimilar 返回的聚类结果导出为两个 CSV 文件。

Remarks

family_id 采用 1-based 编号 family_{i+1},与同仓库 FamilyCluster / Linclust 约定一致。 CDHit 的 FindSimilar 中代表序列自身未写入 Similar 字典,故导出时显式将代表序列作为簇内第 1 个成员:self 行 score 取簇内相似度最大值(Single 簇记 0), 其余成员行 score 取其在 Similar 字典中的相似度。

Parameters

Name	Type	Description
`seqs`	`FastaSeq()`	参与聚类的原始序列数组(用于按 Title 反查序列内容)
`clusters`	`IEnumerable(Of SimilarHit)`	CDHit.FindSimilar(threshold) 返回的聚类簇
`outputDir`	`String`	导出目录(不存在时自动创建)

Returns

成功导出的两个文件路径:(FamilyExports.csv, SequenceCluster.csv); 若 clusters 或 seqs 为空则返回空元组。