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操纵子预测器。
OperonPrediction
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Operons.OperonPrediction
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Predict | 1 | 预测单个基因组上的操纵子。 |
| GenePairs | 1 | 输出全部相邻基因对的共转录证据（对应 operonGenePairs.txt）。 |
| distanceProbability | 1 | 距离 sigmoid：距离越近，共转录先验越高。 |
| expressionSimilarity | 1 | 跨条件的表达谱相似度（皮尔逊相关系数）。 当任一基因在所有条件下表达均近似恒定（方差为 0）时，退化为相对表达水平的相似度。 |
03 Members
预测单个基因组上的操纵子。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
genome | Genome | 基因组（基因表达量应已完成定量）。 |
conditionCount | Int32 | 实验条件数量（表达向量维度）。 |
options | OperonPredictionOptions | 预测参数。 |
输出全部相邻基因对的共转录证据（对应 operonGenePairs.txt）。
distanceProbability(
Int32, OperonPredictionOptions)距离 sigmoid：距离越近，共转录先验越高。
跨条件的表达谱相似度（皮尔逊相关系数）。 当任一基因在所有条件下表达均近似恒定（方差为 0）时，退化为相对表达水平的相似度。