FeatureAnnotations

Full name SMRUCC.genomics.Visualize.Circos.TrackDatas.FeatureAnnotations Assembly SMRUCC.genomics.Visualize.Circos.Core Members 5

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Visualize.Circos.TrackDatas.FeatureAnnotations

02 Methods

Name	Overloads	Summary
RNAVisualize	1	使用Highlighs来显示RNA分子在基因组之上的位置
GenerateGeneCircle	1
__geneHighlights	1	生成基因组的基因片段
geneHighlights	1	生成基因组的基因片段，因为有一个SplitOverlaps选项，所以可能会将track圈分解成若干个互不重叠的圈返回，所以返回的类型是一个基因组位点高亮模型的数组
addDisplayName	1	添加一个显示基因名称的圈

03 Members

method RNAVisualize #

RNAVisualize(Circos, PTT)

使用Highlighs来显示RNA分子在基因组之上的位置

method GenerateGeneCircle #

GenerateGeneCircle(Circos, IEnumerable(Of GeneTable), Boolean, String, Boolean, Boolean, Boolean, Dictionary(Of String, String))

Parameters

Name	Type	Description
`doc`	Circos	-
`anno`	`IEnumerable(Of GeneTable)`	-
`IDregex`	`Boolean`	Regular expression for parsing the number value in the gene's locus_tag. (基因的名称的正则表达式解析字符串。如果为空字符串，则默认输出全部的名称)
`onlyGeneName`	`String`	当本参数为真的时候，IDregex参数失效

method __geneHighlights #

__geneHighlights(IEnumerable(Of GeneTable), Dictionary(Of String, String), Strands)

生成基因组的基因片段

Parameters

method geneHighlights #

geneHighlights(IEnumerable(Of GeneTable), Dictionary(Of String, String), Strands, Boolean)

生成基因组的基因片段，因为有一个SplitOverlaps选项，所以可能会将track圈分解成若干个互不重叠的圈返回，所以返回的类型是一个基因组位点高亮模型的数组

Parameters

method addDisplayName #

addDisplayName(Boolean, String, IEnumerable(Of GeneTable), Circos, Boolean)

添加一个显示基因名称的圈

Parameters