统一的生化化合物模型(合并 EquilibratorApi.Core 与 EquilibratorCache 两套重复定义)。 包含结构信息、微物种、基团向量(组贡献法)、镁解离常数与标识符, 支持从 eQuilibrator CSV 数据源按需加载。
Compound
01 Syntax
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| UnpickleAtomBag | 1 | 将 base64 pickle(Python dict)反序列化为原子袋字典。 |
| UnpickleGroupVector | 1 | 将 base64 pickle(Python list/tuple of int)反序列化为基团向量(Double())。 |
| UnpickleDissociationConstants | 1 | 将 base64 pickle(Python list of float)反序列化为解离常数(pKa)列表。 |
| ToPhasedCompound | 1 | 创建带相信息的 PhasedCompound。 |
| Pka | 1 | 获取 pKa 值列表(由解离常数计算)。 |
| CanBeTransformed | 1 | 化合物是否可进行 Legendre 变换(已填充微物种)。 |
| GetAccession | 1 | 获取最佳访问号(按 ORDER_OF_REGISTRIES 优先级)。 |
| GetCommonName | 1 | 获取化合物的常用名称(Synonyms 注册表中的同义词)。 |
| ToString | 1 | |
| Equals | 1 | |
| GetHashCode | 1 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Id | 1 | 用户可见/检索键(accession,如 "kegg:C00002",或 CSV 主键字符串)。 |
| CsvId | 1 | CSV 主键(compounds.csv 的 integer id),用于加载 microspecies / Mg 常数 / identifiers。 |
| Name | 1 | 常用名称(CSV 无此列,通常由标识符推导)。 |
| InChI | 1 | InChI 标识符。 |
| InChIKey | 1 | InChI Key。 |
| SMILES | 1 | SMILES 描述符。 |
| MolecularWeight | 1 | 分子量(g/mol)。 |
| Charge | 1 | 电荷数。 |
| ProtonCount | 1 | 质子数。 |
| AtomBag | 1 | 原子袋(原子组成字典)。 |
| StandardFormationEnergy | 1 | 标准生成 Gibbs 自由能(kJ/mol,近似或组贡献估算值)。 |
| StandardDg | 1 | 标准 Gibbs 自由能(kJ/mol,框架预留)。 |
| StandardDgFormation | 1 | 标准生成 Gibbs 自由能(kJ/mol,框架预留,CSV 暂无)。 |
| AtomBagBase64 | 1 | 原子袋(base64 编码的 pickle)。 |
| DissociationConstantsBase64 | 1 | 解离常数(pKa 列表,base64 编码的 pickle)。 |
| GroupVectorBase64 | 1 | 基团向量(组贡献法,base64 编码的 pickle 的 numpy 数组)。 |
| GroupVector | 1 | 基团贡献向量(组贡献法)。 |
| DissociationConstants | 1 | 解离常数(pKa 列表)。 |
| Microspecies | 1 | 微物种列表(组件贡献法 / Legendre 变换)。 |
| MagnesiumDissociationConstants | 1 | 镁离子解离常数列表。 |
| Identifiers | 1 | 标识符列表(KEGG / BiGG / ChEBI 等)。 |
| IsProton | 1 | 是否为质子(H+)。 |
| IsWater | 1 | 是否为水(H2O)。 |
| IsSmilesDerived | 1 | 是否由 SMILES 解析衍生构造(启用 pKa→微物种→组贡献基线 流程)。 |
| Formula | 1 | 从原子袋生成分子式字符串。 |
04 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ORDER_OF_REGISTRIES | 2 | 标识符排序的注册表优先级顺序(最可信 → 最不可信)。 |
05 Members
String)将 base64 pickle(Python dict)反序列化为原子袋字典。
eQuilibrator 以 pickle 协议 4 存储为 Python dict(如 {"H": 1}), 反序列化后由 sciBASIC# 表现为 Dictionary(Of Object, Object)。
String)将 base64 pickle(Python list/tuple of int)反序列化为基团向量(Double())。
eQuilibrator 以 pickle 协议 4 存储为 Python list(如 [0,1,0,3,...]), 反序列化后由 sciBASIC# 表现为 List(Of Object) 或 PythonTuple。
String)将 base64 pickle(Python list of float)反序列化为解离常数(pKa)列表。
String)创建带相信息的 PhasedCompound。
Double)获取 pKa 值列表(由解离常数计算)。
化合物是否可进行 Legendre 变换(已填充微物种)。
获取最佳访问号(按 ORDER_OF_REGISTRIES 优先级)。
获取化合物的常用名称(Synonyms 注册表中的同义词)。
用户可见/检索键(accession,如 "kegg:C00002",或 CSV 主键字符串)。
CSV 主键(compounds.csv 的 integer id),用于加载 microspecies / Mg 常数 / identifiers。
常用名称(CSV 无此列,通常由标识符推导)。
InChI 标识符。
InChI Key。
SMILES 描述符。
分子量(g/mol)。
电荷数。
质子数。
原子袋(原子组成字典)。
标准生成 Gibbs 自由能(kJ/mol,近似或组贡献估算值)。
标准 Gibbs 自由能(kJ/mol,框架预留)。
标准生成 Gibbs 自由能(kJ/mol,框架预留,CSV 暂无)。
原子袋(base64 编码的 pickle)。
解离常数(pKa 列表,base64 编码的 pickle)。
基团向量(组贡献法,base64 编码的 pickle 的 numpy 数组)。
基团贡献向量(组贡献法)。
解离常数(pKa 列表)。
微物种列表(组件贡献法 / Legendre 变换)。
镁离子解离常数列表。
标识符列表(KEGG / BiGG / ChEBI 等)。
是否为质子(H+)。
是否为水(H2O)。
是否由 SMILES 解析衍生构造(启用 pKa→微物种→组贡献基线 流程)。
从原子袋生成分子式字符串。
标识符排序的注册表优先级顺序(最可信 → 最不可信)。
Object)