API Docs / Emily.eQuilibrator
Emily.eQuilibrator 1.0.9753.39349.
Namespaces 10
Types 50
Members 545
01 Namespaces
Emily.eQuilibrator.Core
| Type | Summary |
Members |
|---|
| ComponentContribution |
Main class for predicting Gibbs free energies of biochemical reactions. |
23 |
| CompoundCache |
化合物缓存。内置质子/水，并可按需从 eQuilibrator CSV 数据源懒加载化合物 （结构、微物种、基团向量、镁解离常数、标识符）。 |
11 |
| Numerics |
数值计算辅助模块，替代被删除的 Python NumPy 桩代码。 提供 log-sum-exp / log-add-exp，用于微物种 Legendre 变换的分区函数计算。 |
2 |
Emily.eQuilibrator.Core.Constants
Emily.eQuilibrator.Core.Data
| Type | Summary |
Members |
|---|
| EquilibratorCsvLoader |
eQuilibrator CSV 数据源加载器。 首遍扫描构建「compound_id → 字节偏移」索引，之后按化合物 ID 懒加载并解析对应行， 反序列化 base64 编码的 pickle 字段（atom_bag / dissociation_constants / group_vector）， 避免将超大 CSV 整文件驻留内存。 |
10 |
Emily.eQuilibrator.Core.Exceptions
Emily.eQuilibrator.Core.Extensions
Emily.eQuilibrator.Core.Models
| Type | Summary |
Members |
|---|
| Bounds |
Defines lower and upper bounds on compound concentrations. |
20 |
| BoundsExtensions |
Extension methods for Bounds |
2 |
| Compound |
统一的生化化合物模型（合并 EquilibratorApi.Core 与 EquilibratorCache 两套重复定义）。 包含结构信息、微物种、基团向量（组贡献法）、镁解离常数与标识符， 支持从 eQuilibrator CSV 数据源按需加载。 |
38 |
| CompoundIdentifier |
化合物标识符模型。 等价于 Python equilibrator_cache/models/compound_identifier.py。 表示化合物在特定注册表中的标识符（如 KEGG ID、BiGG ID 等）。 |
7 |
| CompoundMicrospecies |
化合物微物种模型。 等价于 Python equilibrator_cache/models/compound_microspecies.py。 表示化合物在不同质子化和镁离子结合状态下的微物种，是热力学计算的核心数据模型。 |
9 |
| GibbsEnergyResult |
Represents the result of a Gibbs energy calculation |
9 |
| MagnesiumDissociationConstant |
镁离子解离常数模型。 等价于 Python equilibrator_cache/models/magnesium_dissociation_constant.py。 表示化合物特定伪异构体的 Mg2+ 解离常数。 |
6 |
| PhasedCompound |
Represents a compound with phase information for thermodynamic calculations. |
41 |
| PhasedReaction |
Represents a chemical reaction with phase information for thermodynamic calculations. |
28 |
| Quantity |
Represents a quantity with a unit of measurement. |
27 |
| QuantityExtensions |
Extension methods for creating quantities |
6 |
| ReactionDirection |
反应在给定条件下自发进行的方向。 |
6 |
| Registry |
化合物注册表模型（MIRIAM 注册表，如 KEGG、BiGG、ChEBI 等）。 等价于 Python equilibrator_cache/models/registry.py。 |
10 |
| StoichiometricModel |
A basic stoichiometric model with thermodynamic constraints. |
28 |
| StoichiometricModelExtensions |
Extension methods for StoichiometricModel |
1 |
| TimeStampMixin |
时间戳混入模块。 等价于 Python equilibrator_cache/models/mixins.py，定义创建/更新时间列。 |
3 |
| UnitConverter |
Provides unit conversion functionality |
3 |
| UnitRegistry |
Pint 物理单位库的 VB.NET 占位实现。 提供带单位的物理量（Quantity）的简单封装。 由于不引入第三方 NuGet 包，此处仅实现最小功能集。 |
4 |
Emily.eQuilibrator.Core.Parsers
Emily.eQuilibrator.EquilibratorThermodynamics
Emily.eQuilibrator.SmilesChem
| Type | Summary |
Members |
|---|
| FunctionalGroup |
官能团/片段识别结果。 记录识别出的基团名称、简写符号、所涉及的原子序号列表， 以及该基团属于"基团"还是"片段"。 |
6 |
| FunctionalGroupDetector |
官能团与片段识别器。 对分子图进行模式匹配，将分子"拆解"为预定义的基团和片段。 |
36 |
| GroupCategory |
基团分类枚举，区分"基团"和"片段"两大类。 基团指简单的官能团（如 -OH, -CH3）， 片段指较复杂的结构单元（如苯环、环己烷、特定侧链等）。 |
4 |
| PkaPrediction |
单条 pKa 预测结果。 |
5 |
| PkaPredictor |
基于官能团识别的 pKa 预测器。 将已识别的功能团列表映射为一组经验 pKa；对环上下文（酚/醇、吡啶/吡咯）做修正。 |
2 |
| SmilesAtom |
SMILES 原子节点。 每个原子记录其元素符号、是否芳香、电荷、显式氢原子数等信息， 并维护与其相连的所有化学键引用，方便图遍历。 |
13 |
| SmilesBond |
SMILES 化学键。 记录键的两个端点原子、键类型（单/双/三/芳香）、键级， 以及该键是否为环闭合键。 |
6 |
| SmilesMolecule |
分子图：包含所有原子和化学键的完整分子结构表示。 由 SmilesParser 解析 SMILES 字符串后构建。 |
16 |
| SmilesParser |
SMILES 解析器：将 SMILES 字符串解析为 SmilesMolecule 分子图。 采用逐字符扫描方式，处理原子、化学键、分支和环闭合。 |
8 |
Emily.eQuilibrator.SmilesChem.SmilesParser
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