FunctionalGroupDetector

Full name Emily.eQuilibrator.SmilesChem.FunctionalGroupDetector Assembly Emily.eQuilibrator Members 36

官能团与片段识别器。对分子图进行模式匹配，将分子"拆解"为预定义的基团和片段。

01 Syntax

Emily.eQuilibrator.SmilesChem.FunctionalGroupDetector

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Detect	1	对分子进行完整拆解，返回所有识别到的基团和片段。
FindAllRings	1	查找分子中所有的环（最小环集合）。使用 DFS 从每个原子出发搜索回到自身的路径，限制最大环大小为8。
FindRingsDFS	1	DFS 递归搜索环
CanonicalRingKey	1	生成环的规范化键，用于去重（旋转和翻转无关）
GetDoubleBondedNeighbor	1	获取指定原子的第一个双键邻居原子序号（不存在返回-1）
GetTripleBondedNeighbor	1	获取指定原子的第一个三键邻居原子序号（不存在返回-1）
IsAvailable	1	判断原子是否未被使用（未被已识别的基团占用）
AddGroup	1	添加一个识别到的官能团，并标记其原子为已使用
DetectAromaticRings	1	识别芳香环（苯环、吡啶等）。条件：环大小为5或6，所有原子均为芳香原子。
DetectCycloalkanes	1	识别环烷烃（环己烷、环戊烷等）。条件：环大小3-7，所有原子均为脂肪族碳，且无双键/三键。
DetectHeterocycles	1	识别杂环（非芳香的含杂原子环，如四氢呋喃、吡咯烷等）。条件：环大小3-7，含至少一个杂原子，所有原子非芳香。
DetectCarboxylicAcid	1	识别羧基 -COOH。模式：C 同时连接 =O 和 -OH（O 有氢）。
DetectEster	1	识别酯基 -COO-。模式：C 连接 =O 和 -O-C（O 无氢，连接另一个碳）。
DetectAldehyde	1	识别醛基 -CHO。模式：C 连接 =O，且 C 有至少1个氢（即 C-H）。
DetectKetone	1	识别酮基 >C=O。模式：C 连接 =O，且 C 连接2个碳取代基，无氢。
DetectCarbonyl	1	识别羰基 C=O（未被以上基团覆盖的残留羰基）。
DetectHydroxyl	1	识别羟基 -OH。模式：O 连接到碳，且有至少1个氢。
DetectEther	1	识别醚键 -O-。模式：O 连接2个碳，无氢。
DetectPeroxide	1	识别过氧键 -O-O-。模式：两个 O 直接相连。
DetectAmide	1	识别酰胺基 -CONH-。模式：C 连接 =O 和 N。
DetectNitro	1	识别硝基 -NO2。模式：N 连接2个以上 O，其中至少1个为双键。
DetectNitrile	1	识别氰基 -C#N。模式：C 通过三键连接 N。
DetectAzo	1	识别偶氮基 -N=N-。模式：两个 N 通过双键相连。
DetectImine	1	识别亚胺基 C=N。模式：C 通过双键连接 N（未被酰胺等覆盖的）。
DetectAmine	1	识别胺基 -NH2, -NH-, >N-。根据氮原子上的氢数和碳取代基数区分伯/仲/叔胺。
DetectSulfonicAcid	1	识别磺酸基 -SO3H。模式：S 连接3个以上 O，其中至少2个为双键。
DetectSulfonyl	1	识别砜基 -SO2-。模式：S 连接2个双键 O（未被磺酸基覆盖）。
DetectSulfoxide	1	识别亚砜基 -S=O。模式：S 连接1个双键 O（未被以上覆盖）。
DetectThiol	1	识别巯基 -SH。模式：S 有至少1个氢。
DetectThioether	1	识别硫醚键 -S-。模式：S 连接2个碳，无氢，无双键。
DetectAlkyne	1	识别炔键 -C#C-。模式：两个 C 通过三键相连。
DetectAlkene	1	识别烯键 -C=C-。模式：两个 C 通过双键相连（非芳香，非羰基等）。
DetectMethyl	1	识别甲基 -CH3。模式：C 有3个氢，且连接1个非氢原子。
DetectMethylene	1	识别亚甲基 -CH2-。模式：C 有2个氢，连接2个非氢原子。
DetectMethine	1	识别次甲基 =CH-。模式：C 有1个氢，连接3个非氢原子。
DetectHalides	1	识别卤素 -F, -Cl, -Br, -I。

03 Members

method Detect #

Detect(SmilesMolecule)

对分子进行完整拆解，返回所有识别到的基团和片段。

Parameters

Name	Type	Description
`mol`	SmilesMolecule	已解析的分子图

Returns

识别到的官能团和片段列表

method FindAllRings #

FindAllRings

查找分子中所有的环（最小环集合）。使用 DFS 从每个原子出发搜索回到自身的路径，限制最大环大小为8。

method FindRingsDFS #

FindRingsDFS(Int32, Int32, List(Of Int32), HashSet(Of Int32), List(Of List(Of Int32)), HashSet(Of String), Int32, Int32)

DFS 递归搜索环

method CanonicalRingKey #

CanonicalRingKey(List(Of Int32))

生成环的规范化键，用于去重（旋转和翻转无关）

method GetDoubleBondedNeighbor #

GetDoubleBondedNeighbor(Int32)

获取指定原子的第一个双键邻居原子序号（不存在返回-1）

method GetTripleBondedNeighbor #

GetTripleBondedNeighbor(Int32)

获取指定原子的第一个三键邻居原子序号（不存在返回-1）

method IsAvailable #

IsAvailable(Int32)

判断原子是否未被使用（未被已识别的基团占用）

method AddGroup #

AddGroup(List(Of FunctionalGroup), String, String, GroupCategory, String, IEnumerable(Of Int32))

添加一个识别到的官能团，并标记其原子为已使用

method DetectAromaticRings #

DetectAromaticRings(List(Of FunctionalGroup))

识别芳香环（苯环、吡啶等）。条件：环大小为5或6，所有原子均为芳香原子。

method DetectCycloalkanes #

DetectCycloalkanes(List(Of FunctionalGroup))

识别环烷烃（环己烷、环戊烷等）。条件：环大小3-7，所有原子均为脂肪族碳，且无双键/三键。

method DetectHeterocycles #

DetectHeterocycles(List(Of FunctionalGroup))

识别杂环（非芳香的含杂原子环，如四氢呋喃、吡咯烷等）。条件：环大小3-7，含至少一个杂原子，所有原子非芳香。

method DetectCarboxylicAcid #

DetectCarboxylicAcid(List(Of FunctionalGroup))

识别羧基 -COOH。模式：C 同时连接 =O 和 -OH（O 有氢）。

method DetectEster #

DetectEster(List(Of FunctionalGroup))

识别酯基 -COO-。模式：C 连接 =O 和 -O-C（O 无氢，连接另一个碳）。

method DetectAldehyde #

DetectAldehyde(List(Of FunctionalGroup))

识别醛基 -CHO。模式：C 连接 =O，且 C 有至少1个氢（即 C-H）。

method DetectKetone #

DetectKetone(List(Of FunctionalGroup))

识别酮基 >C=O。模式：C 连接 =O，且 C 连接2个碳取代基，无氢。

method DetectCarbonyl #

DetectCarbonyl(List(Of FunctionalGroup))

识别羰基 C=O（未被以上基团覆盖的残留羰基）。

method DetectHydroxyl #

DetectHydroxyl(List(Of FunctionalGroup))

识别羟基 -OH。模式：O 连接到碳，且有至少1个氢。

method DetectEther #

DetectEther(List(Of FunctionalGroup))

识别醚键 -O-。模式：O 连接2个碳，无氢。

method DetectPeroxide #

DetectPeroxide(List(Of FunctionalGroup))

识别过氧键 -O-O-。模式：两个 O 直接相连。

method DetectAmide #

DetectAmide(List(Of FunctionalGroup))

识别酰胺基 -CONH-。模式：C 连接 =O 和 N。

method DetectNitro #

DetectNitro(List(Of FunctionalGroup))

识别硝基 -NO2。模式：N 连接2个以上 O，其中至少1个为双键。

method DetectNitrile #

DetectNitrile(List(Of FunctionalGroup))

识别氰基 -C#N。模式：C 通过三键连接 N。

method DetectAzo #

DetectAzo(List(Of FunctionalGroup))

识别偶氮基 -N=N-。模式：两个 N 通过双键相连。

method DetectImine #

DetectImine(List(Of FunctionalGroup))

识别亚胺基 C=N。模式：C 通过双键连接 N（未被酰胺等覆盖的）。

method DetectAmine #

DetectAmine(List(Of FunctionalGroup))

识别胺基 -NH2, -NH-, >N-。根据氮原子上的氢数和碳取代基数区分伯/仲/叔胺。

method DetectSulfonicAcid #

DetectSulfonicAcid(List(Of FunctionalGroup))

识别磺酸基 -SO3H。模式：S 连接3个以上 O，其中至少2个为双键。

method DetectSulfonyl #

DetectSulfonyl(List(Of FunctionalGroup))

识别砜基 -SO2-。模式：S 连接2个双键 O（未被磺酸基覆盖）。

method DetectSulfoxide #

DetectSulfoxide(List(Of FunctionalGroup))

识别亚砜基 -S=O。模式：S 连接1个双键 O（未被以上覆盖）。

method DetectThiol #

DetectThiol(List(Of FunctionalGroup))

识别巯基 -SH。模式：S 有至少1个氢。

method DetectThioether #

DetectThioether(List(Of FunctionalGroup))

识别硫醚键 -S-。模式：S 连接2个碳，无氢，无双键。

method DetectAlkyne #

DetectAlkyne(List(Of FunctionalGroup))

识别炔键 -C#C-。模式：两个 C 通过三键相连。

method DetectAlkene #

DetectAlkene(List(Of FunctionalGroup))

识别烯键 -C=C-。模式：两个 C 通过双键相连（非芳香，非羰基等）。

method DetectMethyl #

DetectMethyl(List(Of FunctionalGroup))

识别甲基 -CH3。模式：C 有3个氢，且连接1个非氢原子。

method DetectMethylene #

DetectMethylene(List(Of FunctionalGroup))

识别亚甲基 -CH2-。模式：C 有2个氢，连接2个非氢原子。

method DetectMethine #

DetectMethine(List(Of FunctionalGroup))

识别次甲基 =CH-。模式：C 有1个氢，连接3个非氢原子。

method DetectHalides #

DetectHalides(List(Of FunctionalGroup))

识别卤素 -F, -Cl, -Br, -I。