SMILES 原子节点。 每个原子记录其元素符号、是否芳香、电荷、显式氢原子数等信息, 并维护与其相连的所有化学键引用,方便图遍历。
SmilesAtom
01 Syntax
Emily.eQuilibrator.SmilesChem.SmilesAtom
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| GetValence | 1 | 获取该原子的标准化合价。 用于计算隐式氢原子数。 |
| GetTotalBondOrder | 1 | 计算该原子所有化学键的键级总和。 单键=1,双键=2,三键=3,芳香键=1.5。 |
| GetImplicitHCount | 1 | 计算该原子的隐式氢原子数。 对于方括号原子,返回显式指定的 H 数; 对于普通原子,按"化合价 - 键级总和 - 电荷"计算。 |
| GetNeighborIndices | 1 | 获取所有相邻原子的序号列表。 |
| ToString | 1 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Index | 1 | 原子在分子中的序号(从0开始) |
| Symbol | 1 | 元素符号,如 "C", "N", "O", "Cl", "Na" 等 |
| IsAromatic | 1 | 是否为芳香原子(SMILES 中以小写字母表示,如 c, n, o) |
| InBracket | 1 | 是否使用方括号表示(如 [Na], [nH], [CH3] 等) |
| ExplicitHCount | 1 | 方括号内显式指定的氢原子数(如 [NH2] 的 ExplicitHCount=2) |
| Charge | 1 | 原子形式电荷(如 [N+] 的 Charge=+1) |
| Isotope | 1 | 同位素质量数(如 [15N] 的 Isotope=15) |
| Bonds | 1 | 与该原子相连的所有化学键 |
04 Members
GetValence
获取该原子的标准化合价。 用于计算隐式氢原子数。
GetTotalBondOrder
计算该原子所有化学键的键级总和。 单键=1,双键=2,三键=3,芳香键=1.5。
GetImplicitHCount
计算该原子的隐式氢原子数。 对于方括号原子,返回显式指定的 H 数; 对于普通原子,按"化合价 - 键级总和 - 电荷"计算。
GetNeighborIndices
获取所有相邻原子的序号列表。
Index
原子在分子中的序号(从0开始)
Symbol
元素符号,如 "C", "N", "O", "Cl", "Na" 等
IsAromatic
是否为芳香原子(SMILES 中以小写字母表示,如 c, n, o)
InBracket
是否使用方括号表示(如 [Na], [nH], [CH3] 等)
ExplicitHCount
方括号内显式指定的氢原子数(如 [NH2] 的 ExplicitHCount=2)
Charge
原子形式电荷(如 [N+] 的 Charge=+1)
Isotope
同位素质量数(如 [15N] 的 Isotope=15)
Bonds
与该原子相连的所有化学键
ToString()