PriorNetworkIO

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.GEARS.IO.PriorNetworkIO Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.GEARS Members 8

先验调控网络的 CSV 读取工具

00 Remarks

BnIO.ReadPriorNetwork() 接收的是 RegulatoryEdge 序列，而 RegulatoryEdge.RegulationType 是 Effector 枚举（Activator / Inhibitor / Unknown），测试数据文件里写的却是 activation / repression 这样的字符串，直接套用通用 CSV 反序列化无法完成映射。这里提供一个面向该格式的显式解析器，解析出 RegulatoryEdge 之后再交给 BnIO.ReadPriorNetwork() 组装网络。

期望的 CSV 表头：TF,TargetGene,RegulationType,Confidence,Evidence

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.GEARS.IO.PriorNetworkIO

02 Methods

Name	Overloads	Summary
LoadPriorNetwork	1	从 CSV 文件加载先验调控网络
PriorNetworkToCsv	1	把先验调控网络序列化为 CSV 文本行
ParseRegulatoryEdges	2	解析 CSV 文件中的所有调控边
ParseRegulationType	1	把文本形式的调控类型映射为 Effector 枚举
SplitCsvLine	1	按分隔符切分一行 CSV 文本
IndexOfColumn	1	在表头中查找指定列名的位置

03 Fields

Name	Overloads	Summary
delimiters	1	CSV/TSV 支持的分隔符

04 Members

method LoadPriorNetwork #

LoadPriorNetwork(String)

从 CSV 文件加载先验调控网络

Parameters

Name	Type	Description
`path`	`String`	CSV 文件路径，表头为 TF,TargetGene,RegulationType,Confidence,Evidence

Returns

先验调控网络对象

method PriorNetworkToCsv #

PriorNetworkToCsv(PriorNetwork)

把先验调控网络序列化为 CSV 文本行

Remarks

与 PriorNetworkIO.ParseRegulatoryEdges() 互为逆操作，用于把先验网络写入 zip 包时无需借助临时文件。

Parameters

Name	Type	Description
`prior`	`PriorNetwork`	先验调控网络

Returns

首行为表头、其余每行为一条调控边的文本行集合

method ParseRegulatoryEdges #

ParseRegulatoryEdges(String)

解析 CSV 文件中的所有调控边

Parameters

Name	Type	Description
`path`	`String`	CSV 文件路径

Returns

调控边序列

method ParseRegulatoryEdges overload 2 #

ParseRegulatoryEdges(String())

解析内存中的 CSV 文本行所描述的所有调控边

Remarks

供 GEARS 从 zip 包内读出的文本直接解析，避免落临时文件。

Parameters

Name	Type	Description
`lines`	`String()`	CSV 文本行集合，首行为表头 `TF,TargetGene,RegulationType,Confidence,Evidence`

Returns

调控边序列

method ParseRegulationType #

ParseRegulationType(String)

把文本形式的调控类型映射为 Effector 枚举

Parameters

Name	Type	Description
`text`	`String`	原始文本，支持 activation / activate / activator / up / positive 与 repression / repress / inhibitor / inhibition / down / negative

Returns

效应器枚举；无法识别时返回 Effector.Unknown

method SplitCsvLine #

SplitCsvLine(String)

按分隔符切分一行 CSV 文本

Parameters

Name	Type	Description
`line`	`String`	原始文本行

Returns

字段数组

method IndexOfColumn #

IndexOfColumn(String(), String, Int32)

在表头中查找指定列名的位置

Parameters

Name	Type	Description
`header`	`String()`	表头字段数组
`name`	`String`	目标列名
`defaultIndex`	`Int32`	找不到时回退使用的列索引

Returns

列索引

field delimiters #

delimiters

CSV/TSV 支持的分隔符