nuget
SMRUCC.genomics.Analysis.GEARS 1.0.9753.40023.
01 Namespaces
SMRUCC.genomics.Analysis.GEARS
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| GEARS | GEARS：基于图神经网络的基因表达调控网络虚拟扰动实验 | 48 |
| GEARSConfig | GEARS 虚拟扰动实验的超参数配置 | 23 |
SMRUCC.genomics.Analysis.GEARS.Graph
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| EdgeRelationType | 基因调控图中边的关系类型 | 8 |
| EdgeRelationTypes | EdgeRelationType 的工具方法集合 | 5 |
| GeneRegulatoryGraph | 基因调控图：由先验调控网络构建用于 GNN 消息传递的异质有向图 | 16 |
SMRUCC.genomics.Analysis.GEARS.IO
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| GEARSStorage | GEARS 模型的 zip 持久化编解码模块 | 25 |
| PerturbSeqIO | 真实 Perturb-seq / CROP-seq 数据加载工具 | 5 |
| PriorNetworkIO | 先验调控网络的 CSV 读取工具 | 8 |
SMRUCC.genomics.Analysis.GEARS.IO.GEARSStorage
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| ManifestKeys | zip 包清单的字段键名集合 | 11 |
SMRUCC.genomics.Analysis.GEARS.Layers
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| DenseLayer | 全连接层（线性变换层），实现 y = x @ W + b | 15 |
| GEARSConvLayer | GEARS 边类型感知的图卷积层 | 26 |
| GeneEmbeddingLayer | 基因身份嵌入层（Gene identity embedding） | 11 |
| MatOps | 基于 Tensor 底层数组实现的高性能矩阵运算工具 | 10 |
SMRUCC.genomics.Analysis.GEARS.Model
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| GEARSModel | GEARS 模型：面向基因表达调控网络虚拟扰动的图神经网络 | 21 |
SMRUCC.genomics.Analysis.GEARS.Training
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| GEARSTrainer | GEARS 模型训练器 | 13 |
| InSilicoPerturbationSimulator | 虚拟扰动的计算机仿真器：基于先验调控网络生成伪 Perturb-seq 训练标签 | 13 |
| PerturbSeqSample | 一次（虚拟）扰动实验样本，等价于 Perturb-seq 中的一条记录 | 10 |