用于存储 --report 文件中每一行的数据。这个文件提供了整个样本的分类汇总统计,非常直观。
KrakenReportRecord
00 Remarks
--report 文件是 taxon-centric 的,关注点是“每个分类单元包含了多少 reads”。
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.Metagenome.Kmers.Kraken2.KrakenReportRecord
02 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Percentage | 1 | 分配到该分类单元(及其所有后代)的 reads 数量占样本中总分类 reads 数量的百分比。 |
| ReadsAtRank | 1 | 分配到该分类单元或其任何下级分类单元的 reads 总数。(该节点及子节点读数) |
| ReadsDirect | 1 | 直接分配到该节点的读数,*直接*分配到该分类单元,而不是其任何子节点的 reads 数量。 |
| RankCode | 1 | 表示该分类单元在分类学树中的等级。 U: 未分类 R: 根 D: 域 K: 界 P: 门 C: 纲 O: 目 F: 科 G: 属 S: 种 S1, G1 等:有时用于表示亚种或未分类的属/种。 |
| TaxID | 1 | 该分类单元的 NCBI Taxonomy ID。 |
| ScientificName | 1 | 该分类单元的科学名称。 |
03 Members
Percentage
分配到该分类单元(及其所有后代)的 reads 数量占样本中总分类 reads 数量的百分比。
ReadsAtRank
分配到该分类单元或其任何下级分类单元的 reads 总数。(该节点及子节点读数)
ReadsDirect
直接分配到该节点的读数,直接分配到该分类单元,而不是其任何子节点的 reads 数量。
RankCode
表示该分类单元在分类学树中的等级。 U: 未分类 R: 根 D: 域 K: 界 P: 门 C: 纲 O: 目 F: 科 G: 属 S: 种 S1, G1 等:有时用于表示亚种或未分类的属/种。
TaxID
该分类单元的 NCBI Taxonomy ID。
ScientificName
该分类单元的科学名称。