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API Docs / SMRUCC.genomics.Analysis.Metagenome / KrakenReportRecord

KrakenReportRecord

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.Metagenome.Kmers.Kraken2.KrakenReportRecord Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.Metagenome Members 6

用于存储 --report 文件中每一行的数据。这个文件提供了整个样本的分类汇总统计,非常直观。

00 Remarks

--report 文件是 taxon-centric 的,关注点是“每个分类单元包含了多少 reads”。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.Metagenome.Kmers.Kraken2.KrakenReportRecord

02 Properties

NameOverloadsSummary
Percentage 1 分配到该分类单元(及其所有后代)的 reads 数量占样本中总分类 reads 数量的百分比。
ReadsAtRank 1 分配到该分类单元或其任何下级分类单元的 reads 总数。(该节点及子节点读数)
ReadsDirect 1 直接分配到该节点的读数,*直接*分配到该分类单元,而不是其任何子节点的 reads 数量。
RankCode 1 表示该分类单元在分类学树中的等级。 U: 未分类 R: 根 D: 域 K: 界 P: 门 C: 纲 O: 目 F: 科 G: 属 S: 种 S1, G1 等:有时用于表示亚种或未分类的属/种。
TaxID 1 该分类单元的 NCBI Taxonomy ID。
ScientificName 1 该分类单元的科学名称。

03 Members

property Percentage #
Percentage

分配到该分类单元(及其所有后代)的 reads 数量占样本中总分类 reads 数量的百分比。

property ReadsAtRank #
ReadsAtRank

分配到该分类单元或其任何下级分类单元的 reads 总数。(该节点及子节点读数)

property ReadsDirect #
ReadsDirect

直接分配到该节点的读数,直接分配到该分类单元,而不是其任何子节点的 reads 数量。

property RankCode #
RankCode

表示该分类单元在分类学树中的等级。 U: 未分类 R: 根 D: 域 K: 界 P: 门 C: 纲 O: 目 F: 科 G: 属 S: 种 S1, G1 等:有时用于表示亚种或未分类的属/种。

property TaxID #
TaxID

该分类单元的 NCBI Taxonomy ID。

property ScientificName #
ScientificName

该分类单元的科学名称。