nuget
Rank Abundance曲线
RankAbundance
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.Metagenome.RankAbundance
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| RankAbundance | 1 | Rank-abundance曲线是分析多样性的一种方式。构建方法是统计单一样品中，每一个OTU 所含的序列数， 将OTUs 按丰度（所含有的序列条数）由大到小等级排序，再以OTU 等级为横坐标，以每个OTU 中所含的序列 数（也可用OTU 中序列数的相对百分含量）为纵坐标做图。 Rank-abundance曲线可用来解释多样性的两个方面，即物种丰度和物… |
| TaxonomyProfile | 1 | 按照rank等级来查看物种的含量为多少 |
03 Members
RankAbundance(
IEnumerable(Of OTUTable))Rank-abundance曲线是分析多样性的一种方式。构建方法是统计单一样品中，每一个OTU 所含的序列数， 将OTUs 按丰度（所含有的序列条数）由大到小等级排序，再以OTU 等级为横坐标，以每个OTU 中所含的序列 数（也可用OTU 中序列数的相对百分含量）为纵坐标做图。 Rank-abundance曲线可用来解释多样性的两个方面，即物种丰度和物种均匀度。在水平方向，物种的丰度 由曲线的宽度来反映，物种的丰度越高，曲线在横轴上的范围越大；曲线的形状（平滑程度）反映了样品中物种 的均度，曲线越平缓，物种分布越均匀。
这个函数只提供数据统计的功能，绘图操作还需要在其他模块之中完成
Remarks
Scott T Bates, Jose C Clemente, et al. Global biogeography of highly diverse protistan communities in soil. The ISME Journal (2013) 7, 652–659; doi:10.1038/ismej.2012.147.
TaxonomyProfile(
IEnumerable(Of gastOUT), TaxonomyRanks, Boolean)按照rank等级来查看物种的含量为多少
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
OTUs | IEnumerable(Of gastOUT) | - |
rank | TaxonomyRanks | - |
percentage | Boolean | - |