RelativeStatics

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.Metagenome.RelativeStatics Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.Metagenome Members 6

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.Metagenome.RelativeStatics

02 Methods

Name	Overloads	Summary
RelativeAbundance	1	计算含量相对丰度，这个函数会合并相同的分类的结果数据
CastView	1	进行数据视图转换
ExportByRanks	2	统计OTU在不同的物种分类层次上面每一个实验样品的相对丰度
ExportByRanksInternal	1	统计OTU在不同的物种分类层次上面每一个实验样品的相对丰度
DominantSpecies	1	“单样本维度”的绝对丰度筛选，找的是“优势种”

03 Members

method RelativeAbundance #

RelativeAbundance(IEnumerable(Of gastOUT))

计算含量相对丰度，这个函数会合并相同的分类的结果数据

Remarks

每一个OTU计数就是其丰度值，相对丰度就是这个计数值在总计数之中的百分比值

Returns

[taxonomy => percentage]

method CastView #

CastView(IEnumerable(Of OTUData(Of Double)))

进行数据视图转换

Parameters

Name	Type	Description
`source`	`IEnumerable(Of OTUData(Of Double))`	-

method ExportByRanks #

ExportByRanks(IEnumerable(Of OTUTable))

统计OTU在不同的物种分类层次上面每一个实验样品的相对丰度

Parameters

Name	Type	Description
`source`	`IEnumerable(Of OTUTable)`	OTU统计数据

method ExportByRanks overload 2 #

ExportByRanks(IEnumerable(Of OTUData(Of Double)))

统计OTU在不同的物种分类层次上面每一个实验样品的相对丰度

Parameters

Name	Type	Description
`source`	`IEnumerable(Of OTUData(Of Double))`	OTU统计数据

method ExportByRanksInternal #

ExportByRanksInternal(IEnumerable(Of OTUTable))

统计OTU在不同的物种分类层次上面每一个实验样品的相对丰度

Parameters

Name	Type	Description
`samples`	`IEnumerable(Of OTUTable)`	OTU统计数据

method DominantSpecies #

DominantSpecies(IEnumerable(Of OTUTable), Double, Int32)

“单样本维度”的绝对丰度筛选，找的是“优势种”

Parameters