基因组级别的三维散点图数据点(一个基因组)
GenomeEntropyPoint
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.PanGenome.ReportJSON.GenomeEntropyPoint
02 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| entropy | 1 | 基因存在/缺失均衡度的香农信息熵 H = -(p*log(p) + (1-p)*log(1-p)) |
| presentFamilies | 1 | 该基因组之中存在的基因家族数量 K |
| absentFamilies | 1 | 该基因组之中缺失的基因家族数量 N - K |
| specificRatio | 1 | 特有基因数 / 基因总数(百分比) |
| coreRatio | 1 | 核心基因占比(百分比) |
03 Members
entropy
基因存在/缺失均衡度的香农信息熵 H = -(plog(p) + (1-p)log(1-p))
presentFamilies
该基因组之中存在的基因家族数量 K
absentFamilies
该基因组之中缺失的基因家族数量 N - K
specificRatio
特有基因数 / 基因总数(百分比)
coreRatio
核心基因占比(百分比)