nuget server logo nuget api documents
↑

API Docs / SMRUCC.genomics.Analysis.RNA-Seq.TSSAR / TssClassification

TssClassification

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.TSSAR.TssClassification Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.RNA-Seq.TSSAR Members 2

基于基因注释(PTT)对 TSS 执行基因组上下文分类,并推断 5'UTR 长度。

00 Remarks

对应 TSSAR 论文后处理阶段的分类:

  • Primary:位于某个基因起始密码子上游 primaryUpstream(默认 250 nt)内的启动子区;
  • Internal:位于某个基因的开放阅读框内部;
  • Antisense (Ai / Ad):位于反义链基因的内部(Ai)或其下游 antisenseDownstream (默认 30 nt)范围内(Ad);
  • Orphan:附近没有任何关联基因。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.TSSAR.TssClassification

02 Methods

NameOverloadsSummary
Classify 2 对单个 TSS 位置执行上下文分类。

03 Members

method Classify overload 2 #
Classify(IEnumerable(Of TssSite), PTT, Int32, Int32)

对一批 TSS 位置执行上下文分类。

method Classify #
Classify(TssSite, PTT, Int32, Int32)

对单个 TSS 位置执行上下文分类。