基于基因注释(PTT)对 TSS 执行基因组上下文分类,并推断 5'UTR 长度。
TssClassification
00 Remarks
对应 TSSAR 论文后处理阶段的分类:
- Primary:位于某个基因起始密码子上游
primaryUpstream(默认 250 nt)内的启动子区; - Internal:位于某个基因的开放阅读框内部;
- Antisense (Ai / Ad):位于反义链基因的内部(Ai)或其下游
antisenseDownstream(默认 30 nt)范围内(Ad); - Orphan:附近没有任何关联基因。
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.RNA_Seq.TSSAR.TssClassification
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Classify | 2 | 对单个 TSS 位置执行上下文分类。 |
03 Members
Classify(
IEnumerable(Of TssSite), PTT, Int32, Int32)对一批 TSS 位置执行上下文分类。
对单个 TSS 位置执行上下文分类。