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API Docs / SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath / PatternAtom

PatternAtom

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Chem.PatternAtom Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath Members 14

模式中的一个原子（SMARTS 子集的一个原子约束）。

00 Remarks

语法 [元素(Hn)(Dn)(!O)(!=O)(+/-)(:类号)]，例 [C]、[CH2]、 [CD3H0!O:1]、[O-]。除类号外各项都是可选约束，取哨兵值表示不约束。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Chem.PatternAtom

02 Fields

NameOverloadsSummary
Element 2 元素符号；Nothing 表示通配（本规则库未使用通配原子）。
Charge 2 形式电荷约束；-999 表示"任意电荷"。
HCount 2 氢总数（显式 + 隐式）约束；-999 表示"不约束氢数"。
Degree 2 重原子度约束；-999 表示"不约束度数"。
NoOhNeighbor 2 !O：要求该原子没有"以单键相连的羟基氧"邻居（用于区分酮/醛碳与羧基碳）。
NoOxoNeighbor 2 !=O：要求该原子没有"以双键相连的羰基氧"邻居（用于排除羧基碳、羰基碳）。
Cls 2 原子类号（SMIRKS 的原子映射"货币"）：规则两侧同一类号代表同一个原子。

03 Members

field Element #
Element

元素符号；Nothing 表示通配（本规则库未使用通配原子）。

field Charge #
Charge

形式电荷约束；-999 表示"任意电荷"。

field HCount #
HCount

氢总数（显式 + 隐式）约束；-999 表示"不约束氢数"。

field Degree #
Degree

重原子度约束；-999 表示"不约束度数"。

field NoOhNeighbor #
NoOhNeighbor

!O：要求该原子没有"以单键相连的羟基氧"邻居（用于区分酮/醛碳与羧基碳）。

field NoOxoNeighbor #
NoOxoNeighbor

!=O：要求该原子没有"以双键相连的羰基氧"邻居（用于排除羧基碳、羰基碳）。

field Cls #
Cls

原子类号（SMIRKS 的原子映射"货币"）：规则两侧同一类号代表同一个原子。

field Element overload 2 #
Element
field Charge overload 2 #
Charge
field HCount overload 2 #
HCount
field Degree overload 2 #
Degree
field NoOhNeighbor overload 2 #
NoOhNeighbor
field NoOxoNeighbor overload 2 #
NoOxoNeighbor
field Cls overload 2 #
Cls