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SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath 1.0.9753.40023.
01 Namespaces
SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| Netwalk | 代谢网络逆向合成通路搜索器：整个 RetroPath 的对外主入口。 | 16 |
SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Chem
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| ApplicationResult | 一次规则应用的结果：变换后得到的碎片集合与原子映射。 | 4 |
| ApplyPlan | 一条规则在某个应用方向（匹配侧 → 目标侧）上的预计算拓扑。 | 16 |
| Bond | 化学键：分子图中的一条边，由两个原子索引与键级构成。 | 4 |
| EnzymeTiers | 酶可得性层级（酶可得性评分的代理指标；数值越小代表越容易找到可用酶）。 | 6 |
| Molecule | 分子图模型：以原子数组 + 键列表描述的共价分子（可含多个连通分量）。 | 29 |
| MoleculeSnapshot | 分子在一次匹配期间的只读不变量快照：元素 / 电荷 / 氢总数 / 重原子度 + 邻接表。 | 12 |
| Pattern | 一个完整的子结构模式（规则的一侧）：模式原子 + 模式内键 + 逐原子的 !O 标记。 | 6 |
| PatternAtom | 模式中的一个原子（SMARTS 子集的一个原子约束）。 | 14 |
| PatternMatcher | SMARTS 子集的模式解析与子图单射匹配。 | 2 |
| Rule | 一条广义反应规则：(反应物模式, 产物模式, ΔG, 酶层级)。 | 21 |
| RuleEngine | 规则引擎：把广义反应规则双向应用于分子，完成"反应中心匹配 + 原子映射 + 拓扑变换"。 | 4 |
| SmilesIO | SMILES 的输入/输出：一个"够用即可"的 SMILES 子集解析与确定性写出实现。 | 3 |
| SmilesWriter | SMILES 写出器：封装一次确定性 DFS 写出所需的全部可变状态。 | 9 |
SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Chem.PatternMatcher
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| MatcherState | 匹配器状态（封装递归回溯） | 1 |
SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Model
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| ForwardStepDto | 正向通路中一步反应的 JSON DTO。 | 7 |
| PathDto | 一条候选通路的 JSON DTO：评分明细 + 正向生物合成步骤。 | 8 |
| PathReport | 一次通路搜索的完整结果报告（JSON 输出的根对象）。 | 7 |
| RouteDto | 一条「A → B」候选通路的 JSON DTO：原有评分明细 + 经济性指标。 | 15 |
| RouteReport | 一次「A → B」定向通路搜索的完整结果报告（JSON 输出的根对象）。 | 10 |
| RouteStatsDto | A → B 定向搜索的统计信息（在 SearchStatsDto 基础上增加定向搜索相关计数）。 | 4 |
| RouteStepDto | 正向通路中一步反应的 JSON DTO（在 ForwardStepDto 基础上增加主链标注）。 | 9 |
| RuleDto | 规则库的 JSON DTO（enumerate-rules 子命令的输出单元）。 | 7 |
| SearchParameters | 搜索参数快照（随结果一同输出，便于复现）。 | 6 |
| SearchStatsDto | 搜索统计（JSON DTO）。 | 7 |
| SourceRoles | 起点化合物 A 在通路中允许扮演的角色。 | 4 |
SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Netwalk
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| RouteCandidate | 一条满足起点约束的候选通路（中间结构，供排序与 DTO 组装使用） | 3 |
SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Search
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| BeamSearch | 逆向路径搜索：以目标分子为根，逐层把广义规则逆向应用（亦尝试正向）展开搜索树， 直到所有前体落入汇集合。 | 10 |
| ForwardStep | 正向路径步骤（供 JSON 输出） | 14 |
| PathScores | 一条完整路径的多维评分结果。 | 12 |
| RetroStep | 一步逆合成：把某个化合物按某条规则分解成若干前体。 | 20 |
| RuleFilter | 规则集的按方向元素需求表：用于在实际匹配前快速排除不可能命中的规则。 | 7 |
| RuleLibrary | 反应规则库：内置广义规则 + 用户 TSV 扩展。 | 3 |
| ScoreWeights | 路径评分权重：热力学、酶可得性、长度三项的加权系数。 | 6 |
| Scoring | 路径评分与正向组装：把逆合成步骤序列翻转为生物合成方向的步骤列表， 并按热力学 / 酶可得性 / 路径长度给出全局分。 | 3 |
| SearchOptions | 逆向路径搜索的运行参数。 | 15 |
| SearchState | 搜索状态：一个"尚未落入汇集合的化合物集合"（RetroPath2.0 的化合物空间语义）。 | 8 |
| SearchStats | 一次搜索过程的运行统计（用于结果报告与性能诊断）。 | 12 |
SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Search.BeamSearch
| Type | Summary | Members |
|---|---|---|
| Expansion | 一个展开产出，携带其在有序序列中的坐标，用于确定性归并 | 0 |
| LocalAcc | 并行分区的本地累加器（统计 + 结果缓冲，避免共享集合与锁竞争） | 0 |
| PendingItem | 一个待展开的「状态中的某个化合物」 | 0 |
| WorkUnit | 一个展开工作单元 = (待分解物, 规则)，含预过滤后仍需尝试的方向 | 1 |